Se me ocurre que podes hacer un ls recursivo y meterlo adentro de un
archivo, hacer lo mismo con el otro directorio, y finalmente un diff
entre ambos archivos

ls -R primer_directorio > primer_directorio_txt
ls -R segundo_directorio > segundo_directorio_txt

diff primer_directorio_txt segundo_directorio_txt

Saludos,
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Ariel Camino
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