Tu descripción del problema y el mensaje de error me sugieren dos cosas:
1) Haz usado en LyX una nueva clase de documentos, que no está soportada por los paquetes correspondientes de LaTeX.
Activa en tu configuración de MiKTeX, que automáticamente se conecte a la internet, descargue y registre los paquetes que se le solicitan y que no tiene. Eso se hace con el programa "MiKTeX Settings". En la ficha "General", la opción "Install missing packages on the fly", debe tener seleccionado "Yes".
2) Los errores hablan de conflictos entre paquetes. Dos paquetes son mencionados: natbib (referencias bibliográficas) y geometry (distribución de la página o layout). Esto puede suceder cuando un paquete especifica algo que ya fue especificado, porque el paquete fue cargado con anterioridad por otro.
En este caso, hay que mover los llamados a dichos paquetes al comienzo del preámbulo de LyX.
