Merci beaucoup pour ces précisions. Voici ce que j'ai obtenu (les noms de mes fichiers sont TestBib.lyx et testBib.bib):

OK, je suppose que votre fichier foo.lyx est chargé dans LyX;
1/ menu Fichier-Exporter->Latex (plain ou pdflatex, c'est sans importance) crée un fichier foo.tex dans votre répertoire de travail où se trouve foo.tex
et foo.bib.
 2/ ouvrez un shell Unix et allez dans ce répertoire
 3/ latex foo   compile une première fois foo.tex et crée un fichier
 foo.aux qui doit contenir une ligne référençant foo.bib

A ce stade, le terminal me signale déjà l'erreur:

*************************************
* Local config file frenchb.cfg used
*
(/usr/local/teTeX/share/texmf.tetex/tex/generic/babel/frenchb.cfg)))
No file TestBib.aux.
(/usr/local/teTeX/share/texmf.tetex/tex/latex/lm/t1lmr.fd)

LaTeX Warning: Citation `Agamben:Prof2006' on page 1 undefined on input line 12
.

No file TestBib.bbl.
No file TestBib.toc.
[1] (./TestBib.aux)

LaTeX Warning: There were undefined references.


Par contre, si je lis bien le fichier .aux, la ligne de référencement de mon fichier est bel et bien présente (ligne 8). Voici le contenu du fichier ci-dessous:

\relax
\catcode`:\active
\catcode`;\active
\catcode`!\active
\catcode`?\active
\citation{Agamben:Prof2006}
\bibstyle{plain}
\bibdata{testBib}
[EMAIL PROTECTED]
[EMAIL PROTECTED]@language{french}}
[EMAIL PROTECTED]@language{french}}
[EMAIL PROTECTED]@language{french}}
[EMAIL PROTECTED] {section}{R\'ef\'erences}{1}}


4/ bibtex foo utilise foo.aux pour créer foo.bbl, un morceau de code latex qui est inséré dans foo.tex à l'endroit ou vous avec déclaré une biblio;
 accessoirement, le fichier foo.blg est un log qui indique les erreurs
 de compilation bibtex éventuelles;

Voici la réponse du terminal à la commande bibtex:

This is BibTeX, Version 0.99c (Web2C 7.5.5)
The top-level auxiliary file: TestBib.aux
I couldn't open style file plain.bst
---line 7 of file TestBib.aux
: \bibstyle{plain
:                }
I'm skipping whatever remains of this command
I couldn't open database file testBib.bib
---line 8 of file TestBib.aux
: \bibdata{testBib
:                 }
I'm skipping whatever remains of this command
I found no database files---while reading file TestBib.aux
I found no style file---while reading file TestBib.aux
(There were 4 error messages)

5/ latex foo relance une compilation latex avec cette inclusion du .bbl

A ce stade, j'obtiens exactement le même output que précédemment. Le fichier .bbl est vide lorsque je l'ouvre avec TexShop.

 6/ latex foo satisfait les références en avant créées par 5/.

S'il y a des ??, c'est que 4 a échoué: foo.blg doit aider.

Voici le contenu du fichier en question. Il correspond à ce qui était noté plus haut.

This is BibTeX, Version 0.99c (Web2C 7.5.5)
The top-level auxiliary file: TestBib.aux
I couldn't open style file plain.bst
---line 7 of file TestBib.aux
: \bibstyle{plain
:                }
I'm skipping whatever remains of this command
I couldn't open database file testBib.bib
---line 8 of file TestBib.aux
: \bibdata{testBib
:                 }
I'm skipping whatever remains of this command
I found no database files---while reading file TestBib.aux
I found no style file---while reading file TestBib.aux
You've used 1 entry,
            0 wiz_defined-function locations,
            87 strings with 532 characters,
and the built_in function-call counts, 0 in all, are:
= -- 0
> -- 0
< -- 0
+ -- 0
- -- 0
* -- 0
:= -- 0
add.period$ -- 0
call.type$ -- 0
change.case$ -- 0
chr.to.int$ -- 0
cite$ -- 0
duplicate$ -- 0
empty$ -- 0
format.name$ -- 0
if$ -- 0
int.to.chr$ -- 0
int.to.str$ -- 0
missing$ -- 0
newline$ -- 0
num.names$ -- 0
pop$ -- 0
preamble$ -- 0
purify$ -- 0
quote$ -- 0
skip$ -- 0
stack$ -- 0
substring$ -- 0
swap$ -- 0
text.length$ -- 0
text.prefix$ -- 0
top$ -- 0
type$ -- 0
warning$ -- 0
while$ -- 0
width$ -- 0
write$ -- 0
(There were 4 error messages)



En fait c'est très simple quand on l'a fait une fois :-)

A ce stade je ne sais que faire de ces résultats. Est-ce grave docteur? ;-)

Merci encore pour votre aide!




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