Le 31/03/2014 18:26, Jean-Pierre Chrétien a écrit :
Je ne me rappelle plus avoir installer manuellement ce style, donc si il est proposé c'est qu'il devrait être chargé...Le 31/03/2014 13:50, Delobel pierre a écrit :je ne sais pas pourquoi le style databib me renvoye l'erreur suivante à lacréation de l'appercu : \DTLnewbibrow The control sequence at the end of the top line of your error message was never \def'ed. If you have misspelled it (e.g., `\hobx'), type `I' and the correct spelling (e.g., `I\hbox'). Otherwise just continue, and I'll forget about whatever was undefined.ESt-ce que le paquetage datbib.sty est installé ? Est-ce qu'il est chargé dans le préambule ?
dans l'appercu LaTeX, concernant la bibliographie, je ne trouve que :
\nocite{Delobel2012a,Delobel2012,Erny2012,Steyer2012}\bibliographystyle{databib}
\bibliography{delobel-14-04-2013}
je n'ai rien ajouté dans le prehambule manuellement
%% LyX 2.0.3 created this file. For more info, see http://www.lyx.org/.
%% Do not edit unless you really know what you are doing.
\documentclass[french]{simplecv}
\usepackage{mathptmx}
\renewcommand{\familydefault}{\rmdefault}
\usepackage[utf8x]{inputenc}
\usepackage[a4paper]{geometry}
\geometry{verbose,tmargin=1cm,bmargin=1.5cm,lmargin=1.5cm,rmargin=1.5cm,headheight=1cm,headsep=1cm,footskip=2cm}
\setcounter{secnumdepth}{0}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[numbers]{natbib}
\makeatletter
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% LyX specific LaTeX commands.
\newcommand{\noun}[1]{\textsc{#1}}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% User specified LaTeX commands.
%% Vous pouvez modifier les polices utilisés dans le document
%% en utilisant les macros suivantes. Elles prennent un
%% paramètre qui est la commande de changement de
%% police.
%% \headerfont : la police utilisé dans les deux en-têtes.
%%
%% You can modify the fonts used in the document be using the
%% following macros. They take one parameter which is the font
%% changing command.
%% \headerfont: the font used in both headers.
%% Defaults to sans serif.
%% \titlefont: the font used for the title.
%% Defaults to \LARGE sans-serif semi bold condensed.
%% \sectionfont: the font used by \section when beginning a new topic.
%% Defaults to sans-serif semi bold condensed.
%% \itemfont: the font used in descriptions of items.
%% Defaults to sans-serif slanted.
% to make your name even bigger, uncomment the following line:
% \titlefont{\Huge}
%%
%% You can modify the following parameters using \renewcommand:
%% \topicmargin: the left margin inside topics.
%% Defaults to 20% of the text width (0.20\textwidth).
% To get more room for left column of Topic layouts, uncomment following
line:
% \setlength{\topicmargin}{0.3\textwidth}
\makeatother
\usepackage{babel}
\addto\extrasfrench{%
\providecommand{\og}{\leavevmode\flqq~}%
\providecommand{\fg}{\ifdim\lastskip>\z@\unskip\fi~\frqq}%
}
En regardant la doc de datatool, je suppose que vous utilisez databib pour trier votre base .bib ? Ce qui est curieux sur mon installation de TeXLive, c'est que je trouve bien databib.sty, mais pas databib.bst. Est-ce normal ?quand je regarde les "informations TEX" je trouve bien listé databib.sty et databib.bst
--Pierre Delobel <[email protected]>
tel : (+33) 4-99-61-20-49 fax : (+33) 4-99-61-28-57 UMR 1083 - Sciences Pour l'Oenologie (bat 28) INRA 2, place Viala Montpellier cedex 2 http://www.montpellier.inra.fr/spo
% This file was created with JabRef 2.7b.
% Encoding: UTF8
@ARTICLE{Delobel2014,
author = {Pierre Delobel and Catherine Tesnière},
title = {A simple FCM method to avoid misinterpretation in Saccharomyces cerevisiae
cell cycle assessment between G0 and sub-G1.},
journal = {PLoS One},
year = {2014},
volume = {9},
pages = {e84645},
number = {1},
__markedentry = {[pierre:]},
abstract = {Extensively developed for medical and clinical applications, flow
cytometry is now being used for diverse applications in food microbiology.
Most uses of flow cytometry for yeast cells are derived from methods
for mammalian cells, but yeast cells can present specificities that
must be taken into account for rigorous analysis of the data output
to avoid any misinterpretation. We report an analysis of Saccharomyces
cerevisiae cell cycle progression that highlights possible errors.
The cell cycle was analyzed using an intercalating fluorochrome to
assess cell DNA content. In analyses of yeast cultures, the presence
of a sub-G1 peak in the fluorescent signal is often interpreted as
a loss of DNA due to its fragmentation associated with apoptosis.
However, the cell wall and its stucture may interfere with the fluorescent
signal recorded. These observations indicate that misinterpretation
of yeast DNA profiles is possible in analyses based on some of the
most common probes: cells in G0 appeared to have a lower DNA content
and may have been mistaken as a sub-G1 population. However, careful
selection of the fluorochrome for DNA quantification allowed a direct
discrimination between G0 and G1 yeast cell cycle steps, without
additional labeling. We present and discuss results obtained with
five current fluorochromes. These observations led us to recommend
to use SYTOX Green for cycle analysis of living cells and SYBR Green
I for the identification of the apoptosis sub-G1 population identification
or the DNA ploidy application.},
doi = {10.1371/journal.pone.0084645},
institution = {INRA, UMR1083, Montpellier, France ; SupAgro Montpellier, UMR1083,
Montpellier, France ; Universit Montpellier 1, UMR1083, Montpellier,
France.},
language = {eng},
medline-pst = {epublish},
owner = {pierre},
pii = {PONE-D-13-40052},
pmid = {24392149},
timestamp = {2014.02.17},
url = {http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0084645}
}
@MISC{Delobel2014a,
author = {Pierre Delobel and Catherine Tesnière},
title = {Cytométrie en flux avec Saccharomyces cerevisiae: interprétation
du pic âsub-G1â en G0, en fonction du fluorochrome utilisé pour le
marquage de l'ADN},
howpublished = {LMO11, Levures Modèles et Outils, Bordeaux, France},
month = {april},
year = {2014},
owner = {pierre},
timestamp = {2014.02.17}
}
@MISC{Delobel2013,
author = {Pierre Delobel and Martine Pradal and Bruno Blondin and Catherine
Tesnière},
title = {Importance of a careful interpretation of flow cytometry data with
S. cerevisiae yeast cells : exemple with viability (fragile cells)
and cell cycle determinations (sub-G1 or G0)},
howpublished = {PYFF5, 5th Conference on Physiology of Yeast and Filamentous Fungi,
Montpellier, FRANCE},
month = {June 4-7},
year = {2013},
abstract = {Largement développée pour des applications médicales et cliniques,
la cytométrie en flux (CMF) est maintenant fréquemment utilisée dans
les recherches sur la levure. Or, les cellules de levure peuvent
présenter des spécificités qui doivent être prises en compte pour
une analyse rigoureuse des données, en particulier pour éviter toute
erreur d'interprétation.
Des levures cultivées sur milieu riche sont prélevées tout au long
de la croissance (latence, démarrage, exponentielle, ralentissement,
stationnaire), fixées et traitées. Leur contenu en ADN est suivi
par marquage avec différents fluorochromes par CMF. Avec l'iodure
de propidium (IP) et le SYTOX® Green, on visualise une population
cellulaire présentant un pic « sub-G1 » communément associé à une
perte d'ADN (fragmentation liée à l'apopotose). Avec le SYBR® Green
I aucune perte d'ADN n'est observée (absence d'apoptose). Le pic
« sub-G1 » précédent correspond donc à un artéfact de mesure.
La comparaison de cellules, en phase  exponentielle ou ralentissement,
marquées avec du SYTOX® Green ou du SYBR® Green I montre l'impact
du fluorochrome sur la quantité visible d'ADN. Le SYBR® Green permet
une quantification de l'ADN dans les cellules quelque soit leur stade
de croissance. Le SYTOX® Green permet un suivi de 4 stades du cycle
cellulaire (G1, S, G2/M et G0) puisque les levures en G0 se distinguent
de celles en G1 par une taille supérieure et une sous estimation
de leur contenu en ADN.
Différents tampons de reprise (PBS, Tris-EDTA, Tris-EDTA-Nonidetâ¢)
ont été testés avant marquage au SYTOX® Green. Avec le PBS le pic
« sub-G1 » apparaît plus tôt pendant la phase de ralentissement de
la croissance.
En conclusion, comparé à d'autres fluorochromes excitable à 488 nm
et utilisable pour la quantification de l'ADN, l'IP est moins efficient.
Il est préférable d'utiliser le SYBR® Green I pour la quantification
exacte de l'ADN (ploïdie ou apoptose) et le SYTOX® Green pour le
suivi du cycle cellulaire en mono-marquage.},
owner = {pierre},
timestamp = {2014.02.17}
}
@ARTICLE{Tesnière2013,
author = {Catherine Tesnière and Pierre Delobel and Martine Pradal and Bruno
Blondin},
title = {Impact of nutrient imbalance on wine alcoholic fermentations: nitrogen
excess enhances yeast cell death in lipid-limited must.},
journal = {PLoS One},
year = {2013},
volume = {8},
pages = {e61645},
number = {4},
abstract = {We evaluated the consequences of nutritional imbalances, particularly
lipid/nitrogen imbalances, on wine yeast survival during alcoholic
fermentation. We report that lipid limitation (ergosterol limitation
in our model) led to a rapid loss of viability during the stationary
phase of fermentation and that the cell death rate is strongly modulated
by nitrogen availability and nature. Yeast survival was reduced in
the presence of excess nitrogen in lipid-limited fermentations. The
rapidly dying yeast cells in fermentations in high nitrogen and lipid-limited
conditions displayed a lower storage of the carbohydrates trehalose
and glycogen than observed in nitrogen-limited cells. We studied
the cell stress response using HSP12 promoter-driven GFP expression
as a marker, and found that lipid limitation triggered a weaker stress
response than nitrogen limitation. We used a SCH9-deleted strain
to assess the involvement of nitrogen signalling pathways in the
triggering of cell death. Deletion of SCH9 increased yeast viability
in the presence of excess nitrogen, indicating that a signalling
pathway acting through Sch9p is involved in this nitrogen-triggered
cell death. We also show that various nitrogen sources, but not histidine
or proline, provoked cell death. Our various findings indicate that
lipid limitation does not elicit a transcriptional programme that
leads to a stress response protecting yeast cells and that nitrogen
excess triggers cell death by modulating this stress response, but
not through HSP12. These results reveal a possibly negative role
of nitrogen in fermentation, with reported effects referring to ergosterol
limitation conditions. These effects should be taken into account
in the management of alcoholic fermentations.},
doi = {10.1371/journal.pone.0061645},
institution = {INRA, UMR1083, Montpellier, France ; SupAgro, UMR1083, Montpellier,
France ; Université Montpellier 1, UMR1083, Montpellier, France.},
language = {eng},
medline-pst = {epublish},
owner = {pierre},
pii = {PONE-D-13-00482},
pmid = {23658613},
timestamp = {2013.05.13},
url = {http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0061645}
}
@MASTERSTHESIS{Delobel2012a,
author = {Pierre Delobel},
title = {Les limitations nutritionnelles de Saccharomyces cerevisiae en fermentation
Ånologique : lipides et azote impactent la viabilité suivie par cytométrie
en flux},
school = {Ãcole Pratique des Hautes Ãtudes},
year = {2012},
month = {12},
abstract = {En fermentation Ånologique, la survie des levures est différente suivant
la nature du nutriment limitant entre l'azote et les lipides. Les
levures survivent mieux si le moût est limité en azote que lorsque
celui-ci est limité en lipides.Afin de suivre précisément les levures,
des procédures de mesure de viabilité cellulaire par la cytométrie
en flux ainsi que de suivi du cycle cellulaire ont été mises en place
au laboratoire.Ces outils ont permis de mettre en évidence l'existence
d'une population de cellules fragiles lors de fermentation en carence
lipidique. La mortalité supérieure des levures en limitation lipidique
principale par rapport à une limitation équilibrée en lipides et
en azote, est principalement liée à une pauvreté en ergostérol. La
source d'azote présente lorsque les lipides sont limitants influe
sur la survie des cellules. En effet, l'utilisation du mutant 59A
sch9::kanMX révèle que la perception de l'azote est impliqué dans
la perte de viabilité. En revanche, l'expression du gène de stress
général HSP12, ne semble pas intervenir.La survie des levures est
corrélée à une diminution de leur activité spécifique : dans nos
conditions de limitations nutritionnelles, la durée de fermentation
n'est donc pas forcément affectée par la mortalité cellulaire.},
keywords = {azote, cytométrie en flux, fermentation alcoolique, limitations nutritionnelles,
lipides, Ånologie, Saccharomyces cerevisiae, viabilité},
owner = {pierre},
timestamp = {2013.03.07}
}
@comment{jabref-meta: selector_publisher:}
@comment{jabref-meta: selector_author:}
@comment{jabref-meta: selector_journal:}
@comment{jabref-meta: selector_keywords:}
@comment{jabref-meta: groupsversion:3;}
@comment{jabref-meta: groupstree:
0 AllEntriesGroup:;
1 ExplicitGroup:cercle1\;0\;Gasch2000\;Gasch2002\;Ljungdahl2012\;Manna
zzu2008\;;
1 ExplicitGroup:cercle2-pathway-transcriptome-chronological\;0\;Gasch2
000\;;
1 ExplicitGroup:cercle2-mortalité\;0\;Delobel2012\;Sitepu2012\;;
1 ExplicitGroup:cercle2-lipides\;0\;Abe2009\;Beltran2008\;Chan2012\;Du
plus2000\;Fei2008\;Fornairon-Bonafon2000\;Fornairon-Bonnefond2002\;Gar
barino2005\;Guan2009\;LEFUR1994\;Lamacka1997\;Luparia2004\;Malathi2004
\;Nes2009\;Piironen2003\;Rosenfeld2003a\;Rubio2009\;Valachovic2006\;Yo
u2003\;Zara2009\;;
1 ExplicitGroup:a recuperer\;0\;;
1 ExplicitGroup:autophagie et apoptose\;0\;Cebollero2009\;Chen2011\;Co
dogno2004\;Fleury2002\;Fulda2010\;Levine2005\;Levine2007\;Liu2007\;Orr
enius2003\;Yang2010\;;
1 ExplicitGroup:cercle cycle cellulaire\;0\;Raithatha2009\;;
1 ExplicitGroup:delobel P\;0\;Ambroset2011\;Barat-Houari2006\;Blondin2
005\;Delobel2000\;Delobel2006\;Delobel2008\;Delobel2012\;Erny2012\;Gal
eote2007\;Guillaume2007\;Guillaume2007a\;Kergoat2007\;Legras2010\;Nard
i2007\;Provost2011\;Rossignol2004a\;Rossignol2006\;Sembene2006\;;
1 ExplicitGroup:non imprimé\;0\;Aabo2011\;Pracheil2012\;;
1 ExplicitGroup:docs de ref\;0\;Gasch2000\;Gu2012\;Ljungdahl2012\;RDev
elopmentCoreTeam2011\;Sheff2004\;;
1 ExplicitGroup:R et stat\;0\;Didier2002\;;
1 ExplicitGroup:protocols\;0\;Lamacka1997\;Nes2009\;;
1 ExplicitGroup:azote\;0\;Ljungdahl2012\;;
1 ExplicitGroup:synthese\;0\;Gasch2000\;Gasch2002\;Ljungdahl2012\;;
1 ExplicitGroup:stress\;0\;Gasch2000\;Gasch2002\;;
1 ExplicitGroup:rangemement\;0\;;
2 ExplicitGroup:autophagie\;0\;Cebollero2009\;Chen2011\;Eisenberg2009\
;;
2 ExplicitGroup:nile red\;0\;Chan2012\;Sitepu2012\;;
2 ExplicitGroup:1er cercle\;0\;Beh2009\;Beltran2004\;Bertram2002\;Boer
2003\;Boer2007\;Boer2008\;Chumnanpuen2012\;Feuillat1989\;Forsberg2001\
;Gasch2000\;Gasch2002\;Gomes2007\;Granot1993\;Hess2006\;Hoose2012\;Hou
tman1986\;Kolkman2006\;Landolfo2010\;Ljungdahl2012\;Marie2008\;Parks19
95\;Rosenfeld2003\;Schure1998\;Schure2000\;Shang2006\;Singh2009\;Wacht
ler2006\;Zara2009\;;
2 ExplicitGroup:TOR\;0\;Cook2007\;Granek2011\;Zhang2010\;Zhang2011\;;
1 ExplicitGroup:remerciement\;0\;Cheraiti2008\;Tilloy2014\;;
}
simplecvesemple.lyx
Description: application/lyx
