hallo elias, 

werde mich in den nächsten wochen auch damit beschäftigen (müssen) und kann dir 
dann meine infos posten.

den einen vhost mit instanz1 deaktivieren und nur mal mit instanz2 testen und 
schauen, was passiert?

mein idee ist ne otrs installation mit 
https://servername/otrs-kunde1
https://servername/otrs-kunde2

dadurch auch andere aliases (

legst du die otrs-installationen auf eigene vhosts oder alle in einen?
für ne vhost-config hab ich folgendes in den virtualhost teil kopiert und die 
globale otrs-config rausgemschmissen (damit ist der ordner "/otrs" nur auf 
vhost basis aktiv) <= könnte ebenfalls zu problemen führen.)

ScriptAlias /otrs/ "/opt/otrs/bin/cgi-bin/"
Alias /otrs-web/ "/opt/otrs/var/httpd/htdocs/"

Perlrequire /opt/otrs/scripts/apache2-perl-startup.pl
PerlModule Apache::Reload
PerlInitHandler Apache::Reload


        DirectoryIndex index.php index.html index.pl
# set mod_perl2 options
<Location /otrs>
        AllowOverride None
  ErrorDocument 403 /otrs/index.pl
  SetHandler  perl-script
  PerlHandler ModPerl::Registry
  Options +ExecCGI
  PerlOptions +ParseHeaders
  Order allow,deny
  Allow from all
</Location>

noch ne frage:

wenn du mit der systemid arbeitest geht otrs also immer auf dieselbe datenbank, 
richtig? hast schonmal ne neue datenbank probiert?

stichwort was sagen apache-error-logs?

wie gesagt, nur ein paar ideen.

lg josy


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