Hola Inti, sobre lo de limpiar el marcado de script, tienes que meter los "event handlers" (los eventos: onclick, etc..) como propiedades del objeto en cuestión desde el script. Así no ensucias para nada el xhtml.

Los navegadores por defecto cuando se encuentran con elementos como <a></a> o <img /> crean objetos automáticamente. Entonces desde el archivo .js puedes ponerlos así. Por ejemplo:

window.document.links[0].onclick = "y lo que sea". el array links es el que digo que se crea por defecto y el 0 es el índice del link en concreto. Cuando tienes muchos te es más fácil hacerlo poniéndole ids y localizándolos así:

window.document.links[primero].onclick...

Espero haberte ayudado desde lo poco que sé de javascript. Saludos.

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