[oXygen-user] olink verification

Tue, 25 Jul 2017 01:41:45 -0700 

The olinking does not work: I have a document and glossar. The links to
the glossar are via olink. At some time this has been working, but I do
not know what I have changed so that it does work any further. Linking
to the Glossartest.xml document or to the xml:id="Glossartest" did not
work either. What is wrong?

the respective error messages:

>      [xslt] : Warning! Failure reading
> file:/K:/BuchprojektSpringer/xlm/olinkdb.xml Cause:
> java.io.FileNotFoundException: K:\BuchprojektSpringer\xlm\olinkdb.xml
> (Das System kann die angegebene Datei nicht finden)
>      [xslt] Olink error: could not open target database 'olinkdb.xml'.
>      [xslt] Error: unresolved olink: targetdoc/targetptr =
> 'Glossartest/glo.Bsx'.
I have seen a faintly similar thread about olinking, but that did not
help me.

BTW Glossartest.xml and newbooktest.xml validate just fine.

Regards Bernhard

spitzhalde9
D-79853 lenzkirch
[email protected]
www.b-kleine.com, www.urseetal.net
-
thunderbird mit enigmail
GPG schlüssel: D5257409
fingerprint:
08 B7 F8 70 22 7A FC C1 15 49 CA A6 C7 6F A0 2E D5 25 74 09


<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<glossary version="5.1" xml:id="Glossartest" xml:lang="de"
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          xmlns:xila="http://www.w3.org/2001/XInclude/local-attributes";
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  <title>Glossar</title>

 
  <glossdiv xml:id="glo.TF">
    <title>Transkriptionsfaktoren </title>
    <glossentry>
      <glossterm>Homöobox-Proteine</glossterm>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Bsx">Bsx</para>
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        <para xml:id="glo.Dlx">Dlx</para>
      </glossdef>
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        <para xml:id="glo.Gli">Gli2</para>
      </glossdef>
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        <para xml:id="glo.Gsh">Gsh</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Fox">Foxl2</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Hmx">Hmx, auch Nkx</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Lhx">Lhx</para>
      </glossdef>
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        <para xml:id="glo.Msx">Msx</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Nkx">Nkx</para>
      </glossdef>
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        <para xml:id="glo.Otp">Otp</para>
      </glossdef>
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        <para xml:id="glo.Otx">Otx</para>
      </glossdef>
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        <para xml:id="glo.Pax">Pax</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Pit">Pit</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Pitx">Pitx</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Prop">Prop</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Rax"><emphasis role="bold">Rax</emphasis></para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Sim">Sim</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Six">Six</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Sox">Sox</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Tbx">Tbx</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Vax">Vax</para>
      </glossdef>
    </glossentry>
<glossentry>
  <glossterm>Kernrezeptoren</glossterm>
  <glossdef>
    <para xml:id="glo.Nr5a">Nr5a</para>
  </glossdef>
</glossentry>
    <glossentry>
      <glossterm>bZIP</glossterm>

      <glossdef>
        <para xml:id="glo.tef">Tef</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm>Zink-Finger-Proteine</glossterm>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Fezf">Fezf</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Gata">Gata</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Nelf">Nelf</para>
      </glossdef>
    </glossentry>
    <glossentry>
      <glossterm>bHLH-Proteine</glossterm>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Arnt">Arnt</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Hes">Hes</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Ngn">Ngn</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Oligo">Oligo</para>
      </glossdef>
    </glossentry>
    <glossentry>
      <glossterm>POU-Domänen-Proteine</glossterm>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Oct">Oct</para>
      </glossdef>
      <glossdef>
        <para xml:id="glo.Pitt">Pit, siehe auch <xref linkend="glo.Pit"></xref></para>
      </glossdef>
    </glossentry>
  </glossdiv>

  <glossdiv>
    <title>Weitere Begriffserklärungen</title>

    <glossentry xml:id="glo.14-3-3">
      <glossterm>14-3-3 Protein<indexterm class="singular">
          <primary>14-3-3 Protein</primary>
        </indexterm></glossterm>

      <glossdef>
        <para>14-3-3 Proteine sind ubiquitär in Eukaryonten. Sie binden vor
        allem an phosphorylierte Serine\index{Serin-Phosphat} und steuern
        dadurch Proteinfunktionen in sehr vielen Zellen.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry xml:id="glo.acidophil">
      <glossterm>acidophil</glossterm>

      <glossdef>
        <para>Zellen und Zellbestandteile, die sich mit dem sauren Eosin
        anfärben lassen, werden als acidophil bezeichnet. Zellen, die mit
        basischen Farbstoffen gefärbt werden, werden dagegen als basophil
        bezeichnet.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm>Affinität<indexterm class="singular">
          <primary>Affinität</primary>
        </indexterm></glossterm>

      <glossdef>
        <para>Gleichgewichtsreaktionen sind gekennzeichnet durch
        Reaktionskonstanten, an denen man ablesen kann, ob Reaktionen
        freiwillig ablaufen oder beispielsweise nur durch Enzymkatalyse. Auch
        Antikör"-per-Antigen-Reaktionen sind Gleichgewichtsreaktionen, die um
        so weiter auf der Seite des Antikörper-Antigen-Komplexes liegen, je
        affiner der Antikörper für das Antigen ist. Mit Affinität wird die
        \glqq Anziehungskraft\grqq\ des Antikörpers für das Antigen
        bezeichnet.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm>Avidität<indexterm class="singular">
          <primary>Avidität</primary>
        </indexterm></glossterm>

      <glossdef>
        <para>Bei Immunreaktionen, an denen viele, auch strukturell
        unterschiedliche, Antikörper mit je nach Sequenz unterschiedlichen
        Affinitäten beteiligt sind, wird die Stärke der Reaktionen mit dem
        Ausdruck Avidität bezeichnet -- ein Begriff der nicht messbar
        ist.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm>C"~Terminus, N"~Terminus</glossterm>

      <glossdef>
        <para>Aminosäuren besitzen jeweils eine Amino"~ und eine
        Carboxy-Gruppe. Bei der Peptidbindung reagiert die Carboxy-Gruppe der
        einen Aminosäure mit der Aminogruppe der nächsten Aminosäure. Es
        bleiben jeweils eine Aminogruppe und eine Carboxygruppe erhalten.
        Diese werden als N"~ (für NH$_2$ = Amino) und C"~ (für COOH = Carboxy)
        Terminus bezeichnet.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm>Crossing-Over</glossterm>

      <glossdef>
        <para>In der Meiose lagern sich die Schwesterchromosomen der Länge
        nach aneinander. Anschließend findet ein genetischer Austausch
        zwischen den Schwesterchromosomen statt, bei dem ganze
        Chromosomenabschnitte ausgetauscht werden.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm>HLA<indexterm class="singular">
          <primary>HLA</primary>
        </indexterm></glossterm>

      <glossdef>
        <para>HLA-Moleküle sind Genprodukte des
        Haupthistokompatibilitäts-Lo"-kus (\gen{MHC}). Die HLA-Proteine
        besitzen eine Bindungstasche für Peptidfragmente, die aus dem Abbau
        zelleigener Proteine entstehen. Diese Peptid-HLA-Komplexe
        signalisieren den T"~Lymphozyten, dass es sich um Zellen des eigenen
        Individuums handelt. Werden Zellen von Viren befallen, können virale
        Peptidfragmente in HLA-Proteine eingebaut werden. Solche
        Viruspeptid-HLA-Komplexe werden von T"~Lymphozyten als fremd erkannt.
        Virus-befallene Zellen werden dann von diesen T"~Lympho"-zyten
        bekämpft und zerstört.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm>Imprinting</glossterm>

      <glossdef>
        <para>Mit Imprinting wird die Tatsache bezeichnet, dass in
        Abhängigkeit von der Herkunft eines Chromosomes bestimmte Allele
        inaktiviert sind. Bei etwa 50 menschlichen Genen hat man gefunden,
        dass durch DNA-Methylierung und Anlagerung von Inaktivatorproteinen
        jeweils 1 Allel von diesen Genen nicht abgelesen werden kann. Diese
        Inaktivierung wird schon in befruchteten Eizellen gefunden, ist also
        väterlichen oder mütterlichen Ursprungs. Wenn die Inaktivierung nicht
        funktioniert, z.B. wegen Gendefekten bei den Inaktivatorprotein oder
        den DNA-Methyltransferasen, kommt es zu schweren
        Entwicklungsstörungen. Ein Beispiel für Gen mit Imprinting Gene ist
        das \ra{sssec:insulin}\,IGF2.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm>Karyotyp<indexterm class="singular">
          <primary>Karyotyp</primary>
        </indexterm></glossterm>

      <glossdef>
        <para>Mit Karyotyp wird eine Aussage über die Zahl der Chromosomen in
        den untersuchten Zellen gemacht. Diploider Karyotyp bedeutet, dass
        neben den Geschlechtschromosomen X und X/Y alle Chromosomen doppelt
        vorkommen (eine normale Körperzelle). Haploid bedeutet, dass ein
        Geschlechtschromosom (X oder Y) und alle anderen Chromosomen einfach
        in einer Zelle vorhanden sind (Eizelle oder Spermium). Bei
        Chromosomenaberrationen fehlen einzelne Chromosomen oder sind dreifach
        vorhanden. Manchmal sind die Chromosomen auch vierfach vorhanden
        (tetraploid). Bei Pflanzen gibt es auch 8fache und noch weiter
        vervielfältigte Karyotypen.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm>Tumor</glossterm>

      <glossdef>
        <para>Als Tumor wird zunächst eine raumfordernde Wucherung von Zellen
        bezeichnet, ein synonymer Ausdruck ist Neoplasie. Dabei gibt es
        gutartige Tumoren und bösartige. Je nach Ort der Geschwulst und nach
        Art des verdrängten und geschädigten Gewebes können Krankheiten bis
        hin zum Tod entstehen. Bösartige Tumoren sind die Ursache von Krebs,
        bei dem sich ausgehend von den ursprünglichen Tumorzellen weitere
        Geschwulste (Metatasen) in anderen Körperregionen bilden.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm>Signalpeptid<indexterm class="singular">
          <primary>Signalpeptid</primary>
        </indexterm></glossterm>

      <glossdef>
        <para>Membranproteine und zur Sekretion bestimmte Proteine werden
        nicht im Zytosol, sondern im ER hergestellt. Die Synthese in das ER
        oder in dessen Membran wird durch das sogenannte Signalpeptid
        dirigiert. Wenn die Eiweißsynthese in den Ribosomen beginnt, werden
        zuerst die ca. 20 bis 24 Aminosäuren des Signalpeptids aneinander
        gehängt. Sogenannte Signal-Erkennungs-Partikel (SRP) binden daran und
        bewirken, dass der Komplex aus RNS und Ribosomen an die ER-Membran
        angehängt und dort verankert wird. In die ER-Membran wird eine Pore
        gebohrt. Die Ribosomen, in denen die Kette verlängert wird, bleiben
        außen auf dem ER, der neugebildete Eiweißstrang gelangt aber von den
        Ribosomen direkt durch die Pore in das ER. Im ER wird das Signalpeptid
        durch die Signalpeptidase vom Eiweiß abgeschnitten. Auch die
        Proteinfaltung findet erst im ER statt.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry xreflabel="⇒Glossar:" xml:id="glo.synapsen">
      <glossterm>Synapsen<indexterm class="singular">
          <primary>Synapsen</primary>
        </indexterm></glossterm>

      <glossdef>
        <para>Zwei Nervenzellen bilden mit ihren Axonen an den
        Verbindungsstellen Synapsen, in denen Neurotransmitter von der einen
        Zellen ausgeschüttet werden, über einen kleinen Spalt diffundieren und
        von der anderen Nervenzelle über Rezeptoren empfangen werden.</para>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm/>

      <glossdef>
        <para/>
      </glossdef>
    </glossentry>

    <glossentry>
      <glossterm/>

      <glossdef>
        <para/>
      </glossdef>
    </glossentry>
  </glossdiv>
</glossary>

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<book version="5.0" xml:lang="de" xmlns="http://docbook.org/ns/docbook";
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  <info>
    <title>Hormone</title>
    <authorgroup>
      <author xml:id="author01">
        <personname><firstname>Bernhard</firstname>
        <surname>Kleine</surname></personname>

        <address xml:id="author01address">some town</address>
      </author>
    </authorgroup>

    <pubdate>1.8.2019</pubdate>
  </info>
<chapter>
  <title>Kapitel 10</title>
  
  <para xml:id="Ch10.p1">Ein kurzer Blick in die Bildungszentren unserer
    Hormone soll die Unterschiede zwischen den speziellen endokrinen Drüsen wie
    Darm, Pankreas, Nebenniere oder Gonaden und den neurosekretorischen
    Hormonzellen des Gehirns verständlich machen.</para>
  
  <section xml:id="Ch10.S1">
    <title>Überblick</title>
    
    
    <table xreflabel="tab.TF_hypothalamusDifferentiatation"
      xml:id="Chap10.T3">
      <title>Transkriptionsfaktoren </title>
      <tgroup cols="1">
        <colspec colwidth="85*"/>
        <thead>
          <row>
            <entry align="center">Kürzel</entry>               
          </row>
        </thead>
        <tbody>
          <row>
            <entry xml:id="tf.bsx"><olink targetdoc="Glossartest" targetptr="glo.Bsx">⇒</olink>Bsx</entry>
          </row>
        </tbody>
      </tgroup>
    </table>
  </section>
  </chapter>
  
  <appendix>
    <title>Anhang</title>

    <para/>

    <xi:include href="Glossartest.xml"/>

    <index/>
  </appendix>
</book>

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