# 用一个1G项的数据计数
my @count_of;
# 字符和数字的转换表
my %code_of = (
A=>0,
G=>1,
C=>2,
T=>3
);
# 计算一个15字符的字串对应的下标，每个字符占用两个二进制位
my $index = 0;
for $char (split q[], $str) { # 按字符分开
$index *= 4; # 左移两位
$index += $key{$char}; # 将当前位加入末两位
}
# 计数：
$count_of[$index] += 1;
打印出来需要通过一个循环取末两位、右移两位的方法取得下标对应的实际字符串
不知道这样说清楚没有 ：）
但是如昨天的讨论所说 这个数组本身就至少占4G内存（假定每项是一个4字节的int），因此在perl中完全在内存中进行是不大可行的。
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2009/9/23 空格 <[email protected]>
> 我昏了，之前我把00,01,10,11理解成十进制的数字了。
> 就是说，
> 当取到一个字串赋给$key之后，
> $key=~s{A}{0}g;
> $key=~s{G}{1}g;
> $key=~s{T}{2}g;
> $key=~s{C}{3}g;
> 再用 exists(%hash{$key}); 检查是否有特定键值。是这样的吧？
>
>
> On 9月23日, 上午11时17分, msmouse <[email protected]> wrote:
> > 就是这个意思。前面agentzh说：
> > ”事先约定 A,T,G,C 分别对应 00, 01, 10, 11，即 2 个比特的数值。“
> > 即用两个位表示一个字符，15个字符即是30位。30个二进制位即是15个4进制位
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> >
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