这个。。怎么说呢。。处理字符串正是perl的强项。。因为perl有变量内插和正则表达式 跟c对比觉得不方便的时候就是它不能按字符索引操作而已，或者说跟c的区别在于perl字符串不是字符数组
就现在的问题来看，操作一个128M的字符串，当做一个1G下标的位数组来用，其实也没有太不方便了。。当然要慢很多，毕竟不是数组 总之 这个事情perl不好做是因为资源不够用。。而不是处理字符串不强。。否则一个hash不就搞定了 ---------------------------------- [email protected] [email protected] 2009/9/23 Michael Zeng <[email protected]> > 用perl处理字符串本来就不是强项 > > 就是index, substr , split 几个函数，觉得 到了关键还得用c > > > > > 2009/9/23 msmouse <[email protected]> > >> 这和我说的是同一个方法 跟agentzh的c++也是同一个方法 >> >> 他演示的是从一个计算出来的index里面取两个二进制位的方法 >> >> 看一下agentzh的c++程序吧，看懂了你就明白了。。 >> >> ---------------------------------- >> [email protected] >> [email protected] >> >> >> 2009/9/23 空格 <[email protected]> >> >>> 这个似乎是目前最节省内存的方法，不过我还是不太明白。 >>> >>> 在perl里如何实现你说的这个二进制的bit运算？抱歉我不知道用什么语句能实现这个“2位表示一个字符”。 >>> 另外这个： >>> $char = $key & 0b000011; >>> 我也不太明白， & 后面的这个0b000011如果就是转换了的bit运算结果，那么0b对应什么意思？ >>> >>> >>> On 9月23日, 下午5时49分, truncatei <[email protected]> wrote: >>> > bit运算应该是这样： >>> > 2位表示一个字符 >>> > 00 A >>> > 01 G >>> > 10 T >>> > 11 C >>> > >>> > 这样下来一个15个字符的序列一共30位，一个int足矣，必用字符串省很多内存 >>> > >>> > 取各个位 >>> > 如： >>> > $char = $key & 0b000011; >>> > $char = $key & 0b001100; >>> > $char = $key & 0b110000 >>> > ... >>> > 取出每个位以后再做判断 >>> > $char == 0; >>> > $char == 1; >>> > $char == 2; >>> > $char == 4; >>> > >>> > 2009/9/23 空格 <[email protected]> >>> > >>> > > 我昏了，之前我把00,01,10,11理解成十进制的数字了。 >>> > > 就是说， >>> > > 当取到一个字串赋给$key之后， >>> > > $key=~s{A}{0}g; >>> > > $key=~s{G}{1}g; >>> > > $key=~s{T}{2}g; >>> > > $key=~s{C}{3}g; >>> > > 再用 exists(%hash{$key}); 检查是否有特定键值。是这样的吧？ >>> > >>> > > On 9月23日, 上午11时17分, msmouse <[email protected]> wrote: >>> > > > 就是这个意思。前面agentzh说： >>> > > > ”事先约定 A,T,G,C 分别对应 00, 01, 10, 11，即 2 个比特的数值。“ >>> > > > 即用两个位表示一个字符，15个字符即是30位。30个二进制位即是15个4进制位 >>> > > > ---------------------------------- >>> > > > [email protected] >>> > > > [email protected] >>> >>> >> >> >> -- >> Yours Sincerely >> Zeng Hong >> >> >> >> --~--~---------~--~----~------------~-------~--~----~ 您收到此信息是由于您订阅了 Google 论坛“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要在此论坛发帖，请发电子邮件到 [email protected] 要退订此论坛，请发邮件至 [email protected] 更多选项，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问该论坛 -~----------~----~----~----~------~----~------~--~---
