[PerlChina] 一个限制酶切作图算法的Perl语 言实现问题

Thu, 10 Dec 2009 23:36:40 -0800 

我这两个星期才开始学习Perl语言，前几天在看《生物信息学算法导论》的时候看到一个限制酶切作图的算法，就想用Perl语言来实现以下。
该算法的伪代码是：
一些符号的定义：
<----：赋值
X,L是数组
~(y,X)表示y与数组X中元素的差值集合，比如~(2,{1,3,4,5}) = {1,1,2,3}
=============================================================
Partialdigest(L)
1    width <----L中的最大元素
2    DELETE(width,L)
3    X<----{0,width}
4    PLACE(L,X)

PLACE(L,X)
1    if  L是空集
2        output  X
3        return
4    y<----L中最大元素
5    if  ~(y,X)属于L
6        将y添加到X，且从L中删除长度~(y,X)
7        PLACE(L,X)
8        在X中删除y,且将长度~(y,X)添加到L中
9   if  ~(width-y,X)属于L
10        将width-y添加到X，且从L中删除长度~(width-y,X)
11        PLACE(L,X)
12        在X中删除width-y,且将长度~(width-y,X)添加到L中
13  return

===============================================================
我的Perl语言代码：
sub by_number
{
        if($a<$b) {-1} elsif($a>$b) {1} else {0}
}
sub place{
        if (@array == 0){
                print "@x";
                return;
        }
        $y = $array_L[-1];
        if (&isSubArray_1 == 1){
                push @x,$y;
                @x = sort by_number @x;
                $_ = join "-",@array_L;
                $_ = "$_-";
                while (@rec_array != 0){
                        my $item = pop @rec_array;
                        s/$item-//;
                }
                return &place;
        }
        if (&isSubArray_2 == 1){
                push @x,($width-$y);
                @x = sort by_number @x;
                $_ = join "-",@array_L;
                $_ = "$_-";
                while (@rec_array != 0){
                        my $item = pop @rec_array;
                        s/$item-//;
                }
                return &place;
        }
        return;
}
sub isSubArray_1{
        my @temp_array = @x;
        my @result_array;
        my $signal = 0;
        while (@temp_array != 0){
                my $si = pop @temp_array;
                my $result = abs($si-$y);
                push @result_array, $result;
                }
                @rec_array = sort by_number @result_array;
                $_ = join "-",@array_LL;
                $_ = "$_-";
                while (@result_array != 0){
                        my $item = pop @result_array;
                        if (s/$item-//){
                        }
                        else{
                                $signal += 1;
                        }
                }
                if ($signal != 0){
                        return 0;
                }
                else{
                        return 1;
                }
}

sub isSubArray_2{
        my @temp_array = @x;
        my @result_array;
        my $signal = 0;
        while (@temp_array != 0){
                my $si = pop @temp_array;
                my $result = abs($si-($width-$y));
                push @result_array, $result;
                }
                @rec_array = sort by_number @result_array;
                $_ = join "-",@array_LL;
                $_ = "$_-";
                while (@result_array != 0){
                        my $item = pop @result_array;
                        if (s/$item-//){
                        }
                        else{
                                $signal += 1;
                        }
                }
                if ($signal != 0){
                        return 0;
                }
                else{
                        return 1;
                }
}
my @rec_array;
my $y = 0;
my @array_L = qw(2 2 3 3 4 5 6 7 8 10);
my @array_LL = qw(2 2 3 3 4 5 6 7 8 10);
@array_L = sort by_number @array_L;
my $width = pop @array_L;
my @x = qw(0);
push @x,$width;
&place;

调试了一天多了，还是不能运行，希望大家有空的话能帮我看看啊，谢谢啦！

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