没看明白你的问题,可能有一些你的domain知识。能不能解释详细一点,别人才能帮你。

比如你说的重复序列具体特征是什么?是某些列的值相等吗?

Regards!     
Andy Chen



Date: Tue, 25 Jan 2011 11:24:03 +0800
Subject: Re: [PerlChina] 去除重复序列的问题?
From: [email protected]
To: [email protected]

多谢指导,不过我没怎么看明白。我是需要把全部行放到一起来做还是逐行匹配阿?

在 2011年1月25日 上午11:14,DXX <[email protected]>写道:

写一个正则的匹配表达式,比如现在要修改第2种的,根据4写出一个正则,然后让所有的事件来和这条正则进行匹配,匹配的就去掉,不匹配的留下即可。

2011/1/25 Fei Ni <[email protected]>


本地BLAST之后的结果:
ce_TREP251    ce_TREP251    100.00    200    0    0    1    200    1    200    
1e-113     396

ce_TREP200    ce_TREP200    100.00    200    0    0    1    200    1    200    
3e-99     349

ce_TREP1528    ce_TREP1528    100.00    200    0    0    1    200    1    200   
 1e-113     396
ce_TREP821    ce_TREP1438    93.00    200    13    1    1    200    1    199    
9e-78     278
ce_TREP1438    ce_TREP821    93.00    200    13    1    1    199    1    200    
9e-78     278



ce_TREP821    cs_TREP3162    85.23    149    22    0    1    149    1    149    
1e-30     121cs_TREP3162    ce_TREP821    85.23    149    22    0    1    149   
 1    149    1e-30     121

我想去掉其中的两种重复序列(1:1-3行,序列本身的BLAST结果;2:4-5行、6-7行,4和5 | 6和7是一样的结果,只保留一个就可以),



第一种很好去掉,但是第二种该如何去掉那(我在尝试着修改我的perl script,但到目前为止一直没有成功。。。)?
非常感谢!
-- 
Feiny


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