On 22/12/19 20:32, Antonio Trande wrote: > On 22/12/19 20:15, Balay, Satish wrote: >> This error is strange. The issue does not come up in petsc build - but in >> petsc4py build. >> >> I see the petsc4py build is with: >> >>>>>>>> >> + CFLAGS=' -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions >> -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches >> -m64 -mtune=generic' >> >> mpicc -pthread -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions >> -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches >> -m64 -mtune=generic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions >> -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches >> -m64 -mtune=generic -O3 -fPIC -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 >> -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 >> -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -O2 -g -pipe -Wall >> -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong >> --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -fPIC >> -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions >> -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches >> -m64 -mtune=generic -DPETSC_DIR=/usr -I/usr/include/openmpi-x86_64 >> -I/usr/include/openmpi-x86_64/hypre >> -I/usr/lib64/gfortran/modules/openmpi/petsc >> -I/usr/include/openmpi-x86_64/petsc -I/usr/include -Isrc/include >> -I/usr/lib64/python3.6/site-packages/numpy/core/include >> -I/usr/include/python3.6m -c src/PETSc.c -o >> build/temp.linux-x86_64-3.6/src/PETSc.o >> <<< >> >> I've attempted a petsc+petsc4py build using both the following on fedora-31 >> [with petsc-3.12/maint] - and there were no errors > > Yes, it does not happen on Fedora. That error appears on CentOS-7 > machines only, both with Python2 and Python3. > > petscconf.h is attached > >
-- --- Antonio Trande Fedora Project mailto 'sagitter at fedoraproject dot org' GPG key: 0x7B30EE04E576AA84 GPG key server: https://keys.openpgp.org/
#if !defined(INCLUDED_PETSCCONF_H) #define INCLUDED_PETSCCONF_H #ifndef HAVE_MATH_INFINITY #define HAVE_MATH_INFINITY 1 #endif #ifndef IS_COLORING_MAX #define IS_COLORING_MAX 65535 #endif #ifndef STDC_HEADERS #define STDC_HEADERS 1 #endif #ifndef MPIU_COLORING_VALUE #define MPIU_COLORING_VALUE MPI_UNSIGNED_SHORT #endif #ifndef PETSC_HAVE_CXX #define PETSC_HAVE_CXX 1 #endif #ifndef PETSC_HAVE_MATHLIB #define PETSC_HAVE_MATHLIB 1 #endif #ifndef PETSC_UINTPTR_T #define PETSC_UINTPTR_T uintptr_t #endif #ifndef PETSC_HAVE_PTHREAD #define PETSC_HAVE_PTHREAD 1 #endif #ifndef PETSC_DEPRECATED #define PETSC_DEPRECATED(why) __attribute((deprecated)) #endif #ifndef PETSC_REPLACE_DIR_SEPARATOR #define PETSC_REPLACE_DIR_SEPARATOR '\\' #endif #ifndef PETSC_HAVE_HDF5 #define PETSC_HAVE_HDF5 1 #endif #ifndef PETSC_HAVE_SO_REUSEADDR #define PETSC_HAVE_SO_REUSEADDR 1 #endif #ifndef PETSC_HAVE_MPI #define PETSC_HAVE_MPI 1 #endif #ifndef PETSC_PREFETCH_HINT_T2 #define PETSC_PREFETCH_HINT_T2 _MM_HINT_T2 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PETSC_HAVE_CXX_COMPLEX 1 #endif #ifndef PETSC_SIZEOF_LONG #define PETSC_SIZEOF_LONG 8 #endif #ifndef PETSC_USE_FORTRANKIND #define PETSC_USE_FORTRANKIND 1 #endif #ifndef PETSC_USE_VISIBILITY_CXX #define PETSC_USE_VISIBILITY_CXX 1 #endif #ifndef PETSC_HAVE_STRUCT_SIGACTION #define PETSC_HAVE_STRUCT_SIGACTION 1 #endif #ifndef PETSC_SIZEOF_SIZE_T #define PETSC_SIZEOF_SIZE_T 8 #endif #ifndef PETSC_SIZEOF_CHAR #define PETSC_SIZEOF_CHAR 1 #endif #ifndef PETSC_SIZEOF_DOUBLE #define PETSC_SIZEOF_DOUBLE 8 #endif #ifndef PETSC_SIZEOF_FLOAT #define PETSC_SIZEOF_FLOAT 4 #endif #ifndef PETSC_HAVE_C99_COMPLEX #define PETSC_HAVE_C99_COMPLEX 1 #endif #ifndef PETSC_SIZEOF_INT #define PETSC_SIZEOF_INT 4 #endif #ifndef PETSC_SIZEOF_LONG_LONG #define PETSC_SIZEOF_LONG_LONG 8 #endif #ifndef PETSC_SIZEOF_SHORT #define PETSC_SIZEOF_SHORT 2 #endif #ifndef PETSC_CLANGUAGE_C #define PETSC_CLANGUAGE_C 1 #endif #ifndef PETSC_HAVE_STRCASECMP #define PETSC_HAVE_STRCASECMP 1 #endif #ifndef PETSC_HAVE_GET_NPROCS 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