>Os dois possuem os mesmos bancos de dados com uma pequena
> diferença de registros entre os mesmos.

E as configurações do PostgreSQL e do sistema operacional nos dois servidores?
 
Ubuntu 12.04 -
 
kernel.shmmax = 2000000000
kernel.shmall = 2097152
kernel.sem = 250 128000 100 512
vm.swappiness = 0
net.core.wmem_max = 16777216
net.core.rmem_max = 16777216
net.ipv4.tcp_wmem = 4096 65536 16777216
net.core.netdev_max_backlog = 3000
 
 
 
 


> Fiz uma consulta simples(abaixo) a uma tabela no bancoA e a mesma consulta
> ao Banco B. A resposta em A é imediata a resposta em B demora cerca de
> 15segundos.

A carga dos dois é similar? 
 
Sim


> Agradeço antecipadamente qualquer ideia para identificar o problema.

Logs?
 
Não apresentam nada de extraordinario. Pelo menos não consigo identificar.
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