Euler,
Sem replicação.

E backup na hora do vacuum?

(...)

  server_version                  | 9.3.4

Você ainda não atualizou. Lembra que eu disse que um bug relativo ao seu problema está corrigido?

Apesar de ter resolvido o problema dando uma porrada de checkpoints, não
acho que esse seja um comportamento "normal" para o banco

Não, não é normal.
1) Atualize, você deveria estar rodando 9.3.12
2) Veja se houve backup no momento do seu teste.

[]s
Flavio Gurgel
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