No se porque lo hace, haria falta que hicieras un explain Pero intenta conesta otra consulta
select * from uad.beneficiarios as b where estado_envio = 'n' and tipo_transaccion = 'M' and clave_beneficiario not in ( select clavebeneficiario from nacer.smiafiliados as s where b.*clavebeneficiario = s.**clavebeneficiario* )