Re: [Pharo-dev] Similarity Matrix

[Alexandre Bergel]

Hi Hernan, In that case, I suggest you to define your own builder to build the matrix you need. I have given a try, but I cannot properly parse your data. The problem is about separating column (is it 4 or 5 white spaces?). Having a “,” would help. I gave a try, as you can see with the script below. It produces the following: Each box gives its value when the mouse is above. -=-=-=  -=-=-=  -=-=-=  -=-=-=  -=-=-=   | view f blockSize shape values el | values := '     a1    a2    a3    a4    a5    a6    a7    a8    a9    a10    a11    a12    a13    a14    a15    a16    a17    a18    a19    a20    a21 a1    1    0.130    0.132    0.130    0.158    0.189    0.130    0.022    1.000    0.062    0.083    0.061    0.080    0.059    0.149    1.000    0.098    0.161    0.109    1.000        a2         1    0.195    0.487    0.220    0.220    1.000    0.060    0.130    0.118    0.234    0.234    0.224    0.200    0.622    0.130    0.342    0.235    0.425    0.130    0.000     a3              1    0.195    0.464    0.464    0.195    0.073    0.132    0.116    0.114    0.256    0.109    0.085    0.133    0.132    0.105    0.320    0.171    0.132    0.000     a4                   1    0.220    0.190    0.487    0.060    0.130    0.118    0.160    0.234    0.154    0.132    0.395    0.130    0.342    0.235    0.425    0.130    0.000     a5                        1    0.500    0.220    0.071    0.158    0.195    0.220    0.389    0.209    0.182    0.156    0.158    0.162    0.417    0.225    0.158    0.000     a6                             1    0.220    0.071    0.189    0.114    0.136    0.282    0.130    0.106    0.156    0.189    0.132    0.360    0.167    0.189    0.000     a7                                  1    0.060    0.130    0.118    0.234    0.234    0.224    0.200    0.622    0.130    0.342    0.235    0.425    0.130    0.000     a8                                       1    0.022    0.156    0.104    0.082    0.100    0.100    0.019    0.022    0.095    0.088    0.061    0.022    0.028     a9                                            1    0.062    0.083    0.061    0.080    0.059    0.149    1.000    0.098    0.161    0.109    1.000    0.000     a10                                                 1    0.541    0.140    0.372    0.283    0.073    0.062    0.111    0.139    0.143    0.062    0.025     a11                                                      1    0.160    0.714    0.579    0.176    0.083    0.133    0.200    0.163    0.083    0.024     a12                                                           1    0.154    0.132    0.176    0.061    0.308    0.235    0.239    0.061    0.000     a13                                                                1    0.676    0.170    0.080    0.128    0.189    0.157    0.080    0.023     a14                                                                     1    0.148    0.059    0.128    0.158    0.135    0.059    0.023    a15                                                                          1    0.149    0.262    0.158    0.341    0.149    0.000     a16                                                                               1    0.098    0.161    0.109    1.000    0.000     a17                                                                                    1    0.207    0.316    0.098    0.000     a18                                                                                         1    0.206    0.161    0.000     a19                                                                                              1    0.109    0.000     a20                                                                                                   1    0.000     a21                                                                                                        1     ' lines collect: [ : line | line trimBoth findTokens: '    ' ]. blockSize := 10. view := ROView new. values do: [ :lineOfValues | lineOfValues do: [ :v |  shape := ROBox new size: blockSize; color: Color white. f := [Float readFrom: v readStream] ifError: [ -1 ]. f >= 0   ifTrue: [ shape color: (Color gray: f) ]. el := shape elementOn: f. el @ ROPopup. view add: el ]. "We fill the remaining of the line with white boxes.   We need to have the same amount of boxes for all the lines" (values first size - lineOfValues size) timesRepeat: [ view add: (ROBox new color: Color white) element ].    ]. ROGridLayout new gapSize: 0; lineItemsCount: (values first size); on: view elements. view open. -=-=-=  -=-=-=  -=-=-=  -=-=-=  -=-=-=     Cheers, Alexandre On Dec 15, 2013, at 12:56 AM, Hernán Morales Durand <hernan.mora...@gmail.com> wrote: Hi Alexandre, Just to provide you some feedback. My similarity matrices sometimes are calculated by other tools. However I want to display them using Roassal. For example this is a similarity matrix of 21 lines and 21 columns: '     a1    a2    a3    a4    a5    a6    a7    a8    a9    a10    a11    a12    a13    a14    a15    a16    a17    a18    a19    a20    a21 a1    1    0.130    0.132    0.130    0.158    0.189    0.130    0.022    1.000    0.062    0.083    0.061    0.080    0.059    0.149    1.000    0.098    0.161    0.109    1.000    0.000     a2         1    0.195    0.487    0.220    0.220    1.000    0.060    0.130    0.118    0.234    0.234    0.224    0.200    0.622    0.130    0.342    0.235    0.425    0.130    0.000     a3              1    0.195    0.464    0.464    0.195    0.073    0.132    0.116    0.114    0.256    0.109    0.085    0.133    0.132    0.105    0.320    0.171    0.132    0.000     a4                   1    0.220    0.190    0.487    0.060    0.130    0.118    0.160    0.234    0.154    0.132    0.395    0.130    0.342    0.235    0.425    0.130    0.000     a5                        1    0.500    0.220    0.071    0.158    0.195    0.220    0.389    0.209    0.182    0.156    0.158    0.162    0.417    0.225    0.158    0.000     a6                             1    0.220    0.071    0.189    0.114    0.136    0.282    0.130    0.106    0.156    0.189    0.132    0.360    0.167    0.189    0.000     a7                                  1    0.060    0.130    0.118    0.234    0.234    0.224    0.200    0.622    0.130    0.342    0.235    0.425    0.130    0.000     a8                                       1    0.022    0.156    0.104    0.082    0.100    0.100    0.019    0.022    0.095    0.088    0.061    0.022    0.028     a9                                            1    0.062    0.083    0.061    0.080    0.059    0.149    1.000    0.098    0.161    0.109    1.000    0.000     a10                                                 1    0.541    0.140    0.372    0.283    0.073    0.062    0.111    0.139    0.143    0.062    0.025     a11                                                      1    0.160    0.714    0.579    0.176    0.083    0.133    0.200    0.163    0.083    0.024     a12                                                           1    0.154    0.132    0.176    0.061    0.308    0.235    0.239    0.061    0.000     a13                                                                1    0.676    0.170    0.080    0.128    0.189    0.157    0.080    0.023     a14                                                                     1    0.148    0.059    0.128    0.158    0.135    0.059    0.023     a15                                                                          1    0.149    0.262    0.158    0.341    0.149    0.000     a16                                                                               1    0.098    0.161    0.109    1.000    0.000     a17                                                                                    1    0.207    0.316    0.098    0.000     a18                                                                                         1    0.206    0.161    0.000     a19                                                                                              1    0.109    0.000     a20                                                                                                   1    0.000     a21                                                                                                        1     ' lines collect: [ : line | line trimBoth findTokens: Character tab ] May be your Comparison class could be tailored to set manually rhs, lhs and similarity? What do you recommend for raw matrices? Cheers, Hernán 2013/11/29 Alexandre Bergel <alexandre.ber...@me.com> Hi! I know some of you are working on DSM-kind of matrix. Oscar has been working on a similarity matrix for Roassal. I just want to share a self-explanble screenshot with you guys. On this example, the methods of the subclasses of Set are compared between themselves. Black dot is a couple (m1, m2) that are very similar <Screen Shot 2013-11-29 at 6.12.39 PM.png> More on https://www.facebook.com/media/set/?set=a.550677725018829.1073741833.340543479365589&type=1 Cheers, Alexandre --  _,.;:~^~:;._,.;:~^~:;._,.;:~^~:;._,.;:~^~:;._,.;: Alexandre Bergel  http://www.bergel.eu ^~:;._,.;:~^~:;._,.;:~^~:;._,.;:~^~:;._,.;:~^~:;. --  _,.;:~^~:;._,.;:~^~:;._,.;:~^~:;._,.;:~^~:;._,.;: Alexandre Bergel  http://www.bergel.eu ^~:;._,.;:~^~:;._,.;:~^~:;._,.;:~^~:;._,.;:~^~:;.