Hola Andrés, si entiendo bien lo que querés hacer, no vas a poder abrir un popup en el medio de un método en el code behind. Tampoco se entiende por qué tiene que abrir el pop up en el medio de esas instrucciones y no antes o después. Pero si realmente fuera imprescindible, lo que podrías hacer es usar AJAX. Hacer una llamada al servidor para ejecutar las líneas de código que están antes del pop up, después abrir el pop up y por último hacer otra llamada al servidor para ejecutar las líneas de código que están después.

Para todo lo que sea javascript y AJAX vale la pena aprender jQuery.
Acá hay un video (en inglés) de un nene de 12 años (sí tiene12) que la tiene atada con jQuery
http://www.youtube.com/watch?v=8mwKq7_JlS8

Saludos,

Pedro


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