Muchas gracias a todos!
Lo he resuelto de la siguiente forma:
he modificado el sitecustomize.py poniéndole esto...
import syssys.setdefaultencoding('iso-8859-1')
ahora python puede guardar los caracteres especiales directamente (antes lo
intentaba como ascii y pr eso daba el error) y como xml funciona con unicode
lo admite sin problemas.
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