I have done something so far about that problem,but its not the good way to
do it
need ur comments about that....
from string import *;
import sys
myfile = open("/afs/pdc.kth.se/home/d/debnath/membrane/1a91A.txt")
a = myfile.readlines()
data = myfile.readlines()
for line in myfile.readlines():
fields = line.split('\t')
items=fields.strip()
list1.append(items[1])
for i in aminoacid:
if 10.0 <= z <= 22.0:
matches.append([1,i])
#here i am getting comment! bash-3.1$ python bb.py
File "bb.py", line 16
matches.append([1,i])
^
IndentationError: expected an indented block
else:
matches.append([-1,i])
print "#T/F A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W X Y
Z"
for a in range(0,len(matches),1):
if matches[a][0]==1:
if matches[a][1]=='A':
print "1 1:1 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0 13:0
14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
elif matches[a][1]=='C':
print "1 1:0 2:1 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0 13:0
14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
elif matches[a][1]=='D':
print " 1 1:0 2:0 3:1 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
""" if matches[a][1]=='E' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:1 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='F' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:1 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='G' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:1 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='H' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:1 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='I' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:1 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='K' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:1 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='L' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:1 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='M' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:1 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='N' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:1
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='P' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:1 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='Q' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:1 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='R' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:1 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='S' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:1 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='T' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:1 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='V' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:1 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='X' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:1 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='Y' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:1 21:0"
if matches[a][1]=='Z' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:1"
"""
else:
if matches[a][1]=='A':
print "-1 1:1 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0 13:0
14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
elif matches[a][1]=='C':
print "-1 1:0 2:1 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
elif matches[a][1]=='D':
print " 1 1:0 2:0 3:1 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
""" if matches[a][1]=='E' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:1 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='F' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:1 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='G' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:1 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='H' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:1 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='I' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:1 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='K' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:1 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='L' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:1 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='M' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:1 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='N' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:1
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='P' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:1 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='Q' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:1 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='R' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:1 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='S' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:1 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='T' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:1 18:0 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='V' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:1 19:0 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='X' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:1 20:0 21:0"
if matches[a][1]=='Y' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:1 21:0"
if matches[a][1]=='Z' and matches[a][0]==1:
print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:1"
waiting for ur opinion.
thanks
--
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