Non credo che possa succedere per 2 motivi:

1. nella nuova versione di QGIS non esisteranno più le cartelle .qgisx
perché sono state spostate in cartelle diverse del profilo utente

2. anche se non avessi la versione di QGIS 2.99 che non include questa
novità, non viene scritta la cartella .qgis2 ma .qgis3

in ogni caso fatti una copia della cartella proprio per stare ultra
tranquillo ;)

Saluti

Matteo
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