Olá Andre
foi dado duas formas de se fazer: uma usando o forestplot e outra uma
correção do código que coloquei, segue as duas.
Um abraço
Humberto
1- Codigo corrigido
par(mar=c(2, 8, 0, 0))
y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1)
plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "",
pch = 19, cex = 1.2,xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "")
segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5)
axis(1,at=seq(0,1.2,by=0.1),labels = T,tick =T,cex.axis = 1.2,mgp =
c(2,.7,0))
axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, mgp =
c(2,.6,0),cex.axis = 1.2)
segments(1,1,1,30,lty=1)
2-Forestplot
# d is a data frame with 4 columns
# d$x gives variable names
# d$y gives center point
# d$ylo gives lower limits
# d$yhi gives upper limits
forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){
require(ggplot2)
p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) +
geom_pointrange() +
coord_flip() +
geom_hline(aes(x=0), lty=2) +
ylab(xlab) +
xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above
return(p)
}
# Create some dummy data.
d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]),
y = rnorm(10, .05, 0.1))
d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
my_theme <-
theme(
legend.position = "bottom",
plot.title = element_text(size = rel(1.5)),
panel.background =
element_rect(fill = "white"),
panel.border =
element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"),
panel.grid.major =
element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"),
panel.grid.minor =
element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted")
)
forestplot(d) + my_theme
Em 10/25/2012 9:34 PM, andrebvs escreveu:
E aí Humberto, como ficou o comando finalizado para resolver seu
problema? Porque, acabou que alguns colegas te ajudaram aqui, ficando
um pouco espalhado as informações, então, copia e cola aqui o
resultado final da rotina!
/Att./
/André/
------------------------------------------------------------------------
Em 25/10/2012 17:28, *Humberto < [email protected] >* escreveu:
Obrigado Heloisa Problema resolvido
abr
Humberto
Em 10/25/2012 5:03 PM, Heloíse Pavanato escreveu:
Desculpe...
É no próprio plot.
plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab =
"", pch = 19, cex = 1.2,
xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "", xaxt='n')
Em 25 de outubro de 2012 16:57, Humberto <[email protected]
<mailto:[email protected]>> escreveu:
Leonard,
Muito obrigado pela ajuda mais uma vez!
Abr
Humberto
Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:
quanto ao fundo cinza:
my_theme <-
theme(
legend.position = "bottom",
plot.title = element_text(size = rel(1.5)),
panel.background =
element_rect(fill = "white"),
panel.border =
element_rect(colour = "black", fill="transparent",
linetype="solid"),
panel.grid.major =
element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"),
panel.grid.minor =
element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted")
)
forestplot(d) + my_theme
este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos.
Basta alterar nos locais certos
quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua
'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'
[]s
Leonard de Assis
assis leonard gmail com
Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma
aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que
se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou
conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse
sentido!
Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para
retirar esse background (cinza) do forestplot e
adicionar a linha vertical no 1?
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
tableMat1a é a tabela abaixo
Specie lci or uci
1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176
2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172
3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267
4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187
5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231
6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359
7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293
8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210
9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286
10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392
11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134
12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
par(mar=c(2, 8, 0, 0))
y.axis plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes =
F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2,
xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "")
segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci,
y.axis, lwd = 1.5)
axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T,
cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0))
axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las =
1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2)
segments(1,1,1,30,lty=1)
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode
ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns
# d$x gives variable names
# d$y gives center point
# d$ylo gives lower limits
# d$yhi gives upper limits
forestplot require(ggplot2)
p geom_pointrange() +
coord_flip() +
geom_hline(aes(x=0), lty=2) +
ylab(xlab) +
xlab(ylab) #switch because of the coord_flip()
above
return(p)
}
# Create some dummy data.
d y = rnorm(10, .05, 0.1))
d
forestplot(d)
[]s
Leonard de Assis
assis leonard gmail com
Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto!
Eu até começei a fazer o que estava querendo,
porém, não consegui implementar os intervalos
de confianças com as respectivas médias. Segue
um script abaixo até onde cheguei, se alguém
puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma
grande ajuda!
library(fields)
plot(xlim=c(0,1.8),5:10,
bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative
catchability",ylab="")
x y u v
axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x,
format="fg"))
abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2)
arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4,
length=.2, col='black', lwd=2)
arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5,
length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin
tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite
marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile
shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic
whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin
tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite
marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile
shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic
whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
/Att./
/André Barbosa Ventura da Silva/
------------------------------------------------------------------------
Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman <
[email protected]
<mailto:[email protected]> >* escreveu:
Utilize as funções plot, segments e par para
obter êxito! O link abaixo será útil também.
http://gallery.r-enthusiasts.com/
(S,f,P)
Allaman
**
\begin{signature}
<<>>=
Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman
Universidade Estadual de Santa Cruz
Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas
Ilhéus/BA - Brasil
Fone: +55 73 3680-5596
<tel:%2B55%2073%203680-5596>
E-mail:
[email protected]/[email protected]
<mailto:[email protected]/[email protected]>
@
\end{signature}
_______________________________________________
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[email protected]
<mailto:[email protected]>
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem
(http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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