Isso acontece porque a lsmeans() usa médias ajustadas para o efeito de peso inicial enquanto que HSD.test() usa as médias amostrais que não são ajustadas. Com a função doBy::LSmeans() pode-se verificar que as médias ajustadas são para um animal hipotético de peso igual a média dos animais do experimento. Quando fizer análise de covariância, o mais correto é usar médias ajustadas. As médias amostrais só serão iguais a média ajustada quando os efeitos dos fatores a serem marginalizados são ortogonais. Esse é o caso do experimento em DBC balanceado onde as médias ajustadas e as médias amostrais são iguais pois o efeito de bloco é ortogonal ao de tratamentos.
library(multcomp) library(doBy) lsm <- LSmeans(modeloCOVAR, effect = "DIETA") lsm$K # Média do peso inicial. mean(COVARIANCIA$PESOINIC) # Média do ganho por dieta. aggregate(GANHO ~ DIETA, data = COVARIANCIA, FUN = mean) À disposição. Walmes.
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