Esse cálculo dos limites superiores e inferiores do risco acumulado me parece estranho..
A formulação é baseada em alguma referência? On Fri, Dec 10, 2021 at 1:23 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) > > y <- summary(fit, times = c(14,28,35)) > > y > Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) > > x=Maintained > time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI > 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000 > 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999 > 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875 > > x=Nonmaintained > time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI > 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941 > 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816 > 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664 > > > cumhaz.summ <- function(y, digits = 3){ > + cond <- y$strata == levels(y$strata)[1] > + y$cumhaz.upper <- pmax(y$cumhaz + 1.96 * y$std.chaz,0) > + y$cumhaz.lower <- pmax(y$cumhaz - 1.96 * y$std.chaz,0) > + output <- list() > + for(i in seq_along(levels(y$strata))){ > + cond <- y$strata == levels(y$strata)[i] > + output[[i]] <- round(data.frame(Time = y$time[cond], > + 'N risk' = y$n.risk[cond], > + 'N events' = y$n.event[cond], > + 'Cum Hazard' = y$cumhaz[cond], > + lower = y$cumhaz.lower[cond], > + upper = y$cumhaz.upper[cond]),digits) > + } > + names(output) <- levels(y$strata) > + output > + } > > cumhaz.summ(y) > $`x=Maintained` > Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper > 1 14 8 2 0.191 0.000 0.456 > 2 28 6 2 0.459 0.002 0.915 > 3 35 3 2 0.909 0.133 1.685 > > $`x=Nonmaintained` > Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper > 1 14 7 5 0.492 0.056 0.928 > 2 28 4 2 0.858 0.187 1.530 > 3 35 2 2 1.442 0.385 2.499 > > > > > Em qui., 9 de dez. de 2021 às 10:43, Cid Póvoas por (R-br) < > r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > >> library(survival) >> library(broom) >> library(tidyverse) >> >> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) >> df<-tidy(fit) >> df$cumhaz <- fit$cumhaz >> df %>% filter(time%in%c(9,8,28,33,48)) >> >> fit1 <- summary(fit, times = c(14,28,35)) >> fit1 >> >> tab <- data.frame(time = fit1$time, >> n.risk = fit1$n.risk, >> n.event = fit1$n.event, >> survival = fit1$surv, >> std.err = fit1$std.err, >> `lower 95% CI` = fit1$lower, >> `upper 95% CI` = fit1$upper, >> cumhaz = fit1$cumhaz, >> strata = fit1$strata) >> >> tab >> >> *Cid Edson Mendonça Póvoas* >> >> *AnovAgro <http://www.anovagro.com/>* >> *Engenheiro Agrônomo - **Data Scientist* >> *CREA : 051984991-4* >> *Técnico em Segurança do Trabalho * >> *Nº: **0012669/BA* >> *Tel: +55 73 99151-9565* >> *Lattes : *http://lattes.cnpq.br/2303498368142537 >> *LinkedIn :* http://br.linkedin.com/in/cidedson/ >> *Whatsapp :* https://wa.me/5573991519565 >> >> >> Em qui., 9 de dez. de 2021 às 09:26, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano >> do Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: >> >>> Ei Cesar, >>> >>> Ei sei que o cumhaz esta la. Eu so queria uma saida parecida com a do >>> survival. Parece que vou ter que montar uma um esquema aqui pegar esses >>> valores e montar uma tabela de saida. >>> >>> Valeu. >>> >>> Pedro Emmanuel Brasil >>> (:)= >>> >>> Em qua, 8 de dez de 2021 20:42, Cesar Rabak <cesar.ra...@gmail.com> >>> escreveu: >>> >>>> Isto não é suficiente? >>>> >>>> > fit$cumhaz >>>> [1] 0.09090909 0.19090909 0.31590909 0.45876623 0.45876623 0.65876623 >>>> [7] 0.90876623 0.90876623 1.40876623 1.40876623 0.16666667 0.36666667 >>>> [13] 0.49166667 0.49166667 0.65833333 0.85833333 1.10833333 1.44166667 >>>> [19] 1.94166667 2.94166667 >>>> > >>>> HTH >>>> -- >>>> Cesar Rabak >>>> >>>> On Wed, Dec 8, 2021 at 5:12 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do >>>> Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote: >>>> >>>>> Saudações amigos do R, >>>>> >>>>> Estou as voltas de estimar taxas de eventos e estou batendo cabeça. >>>>> Antes de escrever uma função eu mesmo para fazer uma tabela com alguns >>>>> valores gostaria de uma luz dos amigos de R. >>>>> >>>>> O banco aml está no pacote survival então bastaria carregar o pacote >>>>> pra reproduzir o exemplo. Eu gostaria de ver em formato de tabela alguns >>>>> momentos específicos da tabela de sobrevivência. Só que o summary.survfit >>>>> só retorna a sobrevivência e não a taxa cumulativa. >>>>> >>>>> library("survival") >>>>> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) >>>>> > fit >>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) >>>>> >>>>> n events median 0.95LCL 0.95UCL >>>>> x=Maintained 11 7 31 18 NA >>>>> x=Nonmaintained 12 11 23 8 NA >>>>> # Summary com todos os momentos de eventos >>>>> > summary(fit) >>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) >>>>> >>>>> x=Maintained >>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI >>>>> 9 11 1 0.909 0.0867 0.7541 1.000 >>>>> 13 10 1 0.818 0.1163 0.6192 1.000 >>>>> 18 8 1 0.716 0.1397 0.4884 1.000 >>>>> 23 7 1 0.614 0.1526 0.3769 0.999 >>>>> 31 5 1 0.491 0.1642 0.2549 0.946 >>>>> 34 4 1 0.368 0.1627 0.1549 0.875 >>>>> 48 2 1 0.184 0.1535 0.0359 0.944 >>>>> >>>>> x=Nonmaintained >>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI >>>>> 5 12 2 0.8333 0.1076 0.6470 1.000 >>>>> 8 10 2 0.6667 0.1361 0.4468 0.995 >>>>> 12 8 1 0.5833 0.1423 0.3616 0.941 >>>>> 23 6 1 0.4861 0.1481 0.2675 0.883 >>>>> 27 5 1 0.3889 0.1470 0.1854 0.816 >>>>> 30 4 1 0.2917 0.1387 0.1148 0.741 >>>>> 33 3 1 0.1944 0.1219 0.0569 0.664 >>>>> 43 2 1 0.0972 0.0919 0.0153 0.620 >>>>> 45 1 1 0.0000 NaN NA NA >>>>> >>>>> # Summary com os momentos desejados >>>>> > summary(fit, times = c(14,28,35)) >>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) >>>>> >>>>> x=Maintained >>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI >>>>> 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000 >>>>> 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999 >>>>> 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875 >>>>> >>>>> x=Nonmaintained >>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI >>>>> 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941 >>>>> 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816 >>>>> 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664 >>>>> >>>>> > plot(fit) >>>>> > plot(fit, cumhaz = T) >>>>> > >>>>> Reparem que há uma opção para o gráfico cumhaz = T, o que significa >>>>> que o cumhaz está depositado no objeto, inclusive dentro do summary >>>>> também. >>>>> Tipo summary(fit)$cumhaz. Só que não há uma opção summary(fit, cumhaz = T) >>>>> que retorne o cumhaz ao invés da sobrevivência. Alguém tem algum bizu pra >>>>> fazer isso organizado, extrair a mesma tabela só que com o cumhaz, como >>>>> summary(fit, >>>>> times = c(14,28,35)) sem muito trabalho? >>>>> >>>>> Abraço forte, >>>>> Pedro Brasil >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>> código mínimo reproduzível. >>>>> >>>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >
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