Acho que reshape, *per se*, não é suficiente. . . É necessário efetuar aglutinações nos dados para que se tenha as nove "linhas" da tabela que gerarão as posições no eixo x do *bubble plot*, etc.
Uma busca na documentação por "dplyr aggregate by group" mostrará o caminho a seguir. Se eu entendo corretamente, no final do processamento necessita-se um tibble (ou dataframe se forem usadas funções do ggplot2) com três variáveis para alimentar a função de interesse. On Wed, May 25, 2022 at 10:25 AM Daniel Guimarães Tiezzi por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > Vc precisa transformar a tabela do formate wide para long. > > Existem varias formas. Aqui tem um exemplo > > > https://www.datasciencemadesimple.com/reshape-in-r-from-wide-to-long-from-long-to-wide/ > > > > daniel > > On May 25, 2022, at 8:01 AM, Michele Claire Breton por (R-br) < > r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > Caríssimos(as) colegas(as), muito bom dia! > > Espero que todos se encontrem bem. > > Estou com uma dificuldade. Quero fazer um bubble plot usando as funções > ggplot2 e dplyr, onde pretendo plotar no eixo x o gene_ID (são 84 linhas), > no y a % de ocorrência da expressão na célula e no color, o valor da > expressão. O meu primeiro problema é que no y são 9 tipos celulares > diferentes e cada um tem, na tabela de entrada de dados, uma coluna com os > dados de expressão e outra com os dados de % de ocorrência (amostra > abaixo). Como eu escrevo a função geom_point para plotar o gráfico? > > Amostra da tabela de entrada > gene BE-exp BE% CE_exp CE% E_exp E% F_exp F% HE_exp HE% L-exp L% LE-exp > LE% N-exp N% SM-exp SM% > ACTB 4.006 99.8 3.690 99.6 2.691 95.2 2.377 80.1 2.901 97.7 3.182 94.1 > 2.864 94.0 3.243 96.0 3.214 93.5 > ACTG1 3.850 5.9 3.592 7.1 2.469 1.5 2.252 1.1 3.129 6.4 2.451 0.6 2.979 > 1.1 3.104 0 2.500 2.4 > AJUBA 1.185 5.9 0.972 7.1 1.042 1.5 0.912 1.1 1.043 6.4 0.865 0.6 1.024 > 1.1 0 0 1.149 2.4 > > Muitíssimo obrigada pela ajuda! > > Michele > > > > -- > ------------------------------------------------------------------------ > *Dra. Michele Claire Breton* > Técnica Superior em Bioinformática > CICS - Centro de Investigação em Ciências da Saúde > Faculdade de Ciências da Saúde > Universidade da Beira Interior > Covilhã - Castelo Branco - Portugal > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >
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