Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, *mas* a importação dos seus
dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".
Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (*rownames*),
tanto se fosse usada o parâmetro row.names=1 na chamada a read.csv() ou se
a vírgula inicial da primeira linha do arq CSV fosse retirada...
HTH
On Thu, Aug 4, 2022 at 10:52 AM Michele Claire Breton por (R-br) <
r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
> Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,
>
> Estou em outro nível de problema.
> Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte:
>
> dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")
> head(dados)
> class(dados)
>
> *[1] "data.frame"*
>
> geneLength <- rowMeans(dados)
> *Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric*
>
>
> dadoslog2cpm <- convertCounts(dados,
> unit = "cpm",
> log = TRUE,
> normalize = "tmm")
> *Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M
> Samples. All columns must be numeric.*
>
>
> Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo.
> Vocês podem me ajudar, por favor?
>
> Obrigada,
>
> Michele
> --
> ------------------------------------------------------------------------
> *Dra. Michele Claire Breton*
> Researcher in Bioinformatics
> PhD in Cellular and Molecular Biology
> CICS - Health Sciences Research Center
> Faculty of Health Sciences
> University of Beira Interior
> Covilhã - Castelo Branco - Portugal
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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mínimo reproduzível.
