Hola,
> Primero probé con la opción sencilla y rápida, obteniendo un resultado algo 
> extraño. Lo muestro en el siguiente link:
>
> https://www.dropbox.com/s/xujqcz0o9kqfrku/intervals.tiff

Sí, es lo que debe salir porque los intervalos no son iguales. Por eso
te proponía la solución más elaborada.

> Después intenté ir replicando el resto de pasos que me propones y al llegar 
> al momento de definir una nueva variable categórica, me arroja el siguiente 
> error:
>
>> zm$classP88 <- factor(intChar[idxP88])
> Error in `[[<-.data.frame`(`*tmp*`, name, value = integer(0)) :
>   replacement has 0 rows, data has 56

Vaya, pues no lo sé, porque lo probé con tus datos. Si lo estás
haciendo con los mismos datos que nos enviaste, debiera funcionar sin
problemas. ¿Que obienes en intChar y en idxP88?

Oscar.

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