Disculpad, por si alguien tuviera interés le comunico que sí está disponible aun >pvals.fnc () No sé por qué hay problemas, pero se puede emplear finalmente. La ventaja de esta función es que nos da el valor p para cada factor e interacción de un plumazo. Ciertamente habrá compañeros que prefieran otros métodos para calcular las p. En mi área parece que este método es más o menos estándar (Baayen, Kuperman, Bathes etc). Agradezco mucho vuestra ayuda hoy y esto es simplemente por si tenéis interés en ello. saludos Miguel .
-------------------------------------------- El vie, 13/6/14, [email protected] <[email protected]> escribió: Asunto: Resumen de R-help-es, Vol 64, Envío 21 Para: [email protected] Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 14:03 Envíe los mensajes para la lista R-help-es a [email protected] Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en el asunto (subject) o en el cuerpo a: [email protected] Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a: [email protected] Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que: "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está respondiendo. Asuntos del día: 1. p values con LMER (Miguel Lázaro) 2. Re: p values con LMER (Manuel Azcárate) 3. Re: p values con LMER (Miguel Lázaro) 4. Re: p values con LMER (Jorge I Velez) 5. Re: p values con LMER (Manuel Azcárate) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Fri, 13 Jun 2014 11:25:08 +0100 (BST) From: Miguel Lázaro <[email protected]> To: [email protected] Subject: [R-es] p values con LMER Message-ID: <[email protected]> Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-1 Hola a todos, quería preguntaros un medio para obtener los valores p usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me habían recomendado, pero por algún motivo no está ya disponible etc. Ésta es la función que tengo, pero da las "t", sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por encima de 2 son significativos necesito saber las p. resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word) data = x) (abreviado) = print (resultado, c=F) Fixed effects: Estimate Std. Error t value (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 Saludos, Miguel ------------------------------ Message: 2 Date: Fri, 13 Jun 2014 13:21:01 +0200 From: Manuel Azcárate <[email protected]> To: Miguel Lázaro <[email protected]> Cc: [email protected] Subject: Re: [R-es] p values con LMER Message-ID: <CAMRNioEqdrih=fmgw+ktpdpntopx92audff3uvxislkr_2q...@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain Hola Miguel, Aunque algo más arduo que algún paquete que lo calcule directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin la variable de la que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test anova. El valor obtenido por esta comparación puede utilizarse con el pvalor de esa variable. Por ejemplo: Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data = x) Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data = x) anova(Lm1,Lm2, test="Chisq") #Obtiens el pvalor de la variable “fre_ln†Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * frebase_ln + (1|word), data = x) anova(Lm1,Lm3, test="Chisq") #Obtiens el pvalor de la variable “ Z_nsize†Espero que te sea de utilidad, Un saludo Manuel El 13 de junio de 2014, 12:25, Miguel Lázaro <[email protected]> escribió: > Hola a todos, > querÃa preguntaros un medio para obtener los valores p usando lmer. He > tratado con pvals.fnc, que es lo que me habÃan recomendado, pero por algún > motivo no está ya disponible etc. > > Ésta es la función que tengo, pero da las "t", sin los valores p. Aunque > Baayen indica que valores por encima de 2 son significativos necesito saber > las p. > > resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word) data = > x) (abreviado) > = print (resultado, c=F) > > Fixed effects: > Estimate Std. Error t value > (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 > fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 > Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 > frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 > Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 > Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 > Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 > Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 > Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 > Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 > Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 > > > > Saludos, > > Miguel > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > [email protected] > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > [[alternative HTML version deleted]] ------------------------------ Message: 3 Date: Fri, 13 Jun 2014 12:50:05 +0100 (BST) From: Miguel Lázaro <[email protected]> To: Manuel Azcárate <[email protected]> Cc: [email protected] Subject: Re: [R-es] p values con LMER Message-ID: <[email protected]> Content-Type: text/plain; charset=utf-8 Hola Manuel lo he tratado de hacer pero me sale Error: unexpected string constante in: "anova(a,as,test=Chisq") no tengo ni idea de por qué... Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible hacerse con ello? Saludos, Miguel -------------------------------------------- El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <[email protected]> escribió: Asunto: Re: [R-es] p values con LMER Para: "Miguel Lázaro" <[email protected]> CC: [email protected] Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 Hola Miguel, Aunque algo más arduo que algún paquete que lo calcule directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin la variable de la que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test anova. El valor obtenido por esta comparación puede utilizarse con el pvalor de esa variable. Por ejemplo: Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data = x) Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data = x) anova(Lm1,Lm2, test="Chisq") #Obtiens el pvalor de la variable ?fre_ln? Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * frebase_ln + (1|word), data = x) anova(Lm1,Lm3, test="Chisq") #Obtiens el pvalor de la variable ? Z_nsize? Espero que te sea de utilidad, Un saludo Manuel El 13 de junio de 2014, 12:25, Miguel Lázaro <[email protected]> escribió: Hola a todos, quería preguntaros un medio para obtener los valores p usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me habían recomendado, pero por algún motivo no está ya disponible etc. Ésta es la función que tengo, pero da las "t", sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por encima de 2 son significativos necesito saber las p. resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word) data = x) (abreviado) = print (resultado, c=F) Fixed effects: Estimate Std. Error t value (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 Saludos, Miguel _______________________________________________ R-help-es mailing list [email protected] https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es ------------------------------ Message: 4 Date: Fri, 13 Jun 2014 21:59:16 +1000 From: Jorge I Velez <[email protected]> To: Miguel Lázaro <[email protected]> Cc: R-help-es <[email protected]> Subject: Re: [R-es] p values con LMER Message-ID: <CAKL8G3FjD5SqMYTLyUq=uwnhsnljd-k5jtjduqyhygkwghs...@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain Hola Miguel, 2014-06-13 21:50 GMT+10:00 Miguel Lázaro <[email protected]>: > Hola Manuel > lo he tratado de hacer pero me sale > > Error: unexpected string constante in: > Creo que te falto una " > > "anova(a,as,test=Chisq") > ^^^^^^^^^^^^^ debe ser anova(a, as, test = "Chisq") Saludos, Jorge.- > > no tengo ni idea de por qué... > > Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible > hacerse con ello? > > Saludos, > Miguel > > > > -------------------------------------------- > El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <[email protected]> escribió: > > Asunto: Re: [R-es] p values con LMER > Para: "Miguel Lázaro" <[email protected]> > CC: [email protected] > Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 > > > > Hola Miguel, > > > Aunque algo más arduo que > algún paquete que lo calcule > directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin > la variable de la > que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test > anova. El valor > obtenido por esta comparación puede utilizarse con el > pvalor de esa variable. > > > Por ejemplo: > > Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > Z_nsize * frebase_ln + (1|word), > data = x) > > Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize > * frebase_ln + (1|word), data = > x) > > anova(Lm1,Lm2, > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > la variable "fre_ln" > > > > Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > frebase_ln + (1|word), data = x) > > anova(Lm1,Lm3, > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > la variable " Z_nsize" > > > > Espero que te sea de > utilidad, > > Un saludo > > Manuel > > > > El 13 de junio de 2014, > 12:25, Miguel Lázaro <[email protected]> > escribió: > > Hola > a todos, > > quería preguntaros un medio para obtener los valores p > usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me > habían recomendado, pero por algún motivo no está ya > disponible etc. > > > > Ésta es la función que tengo, pero da las "t", > sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por > encima de 2 son significativos necesito saber las p. > > > > resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + > (1|word) data = x) (abreviado) > > = print (resultado, c=F) > > > > Fixed effects: > > Estimate Std. Error t value > > (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 > > fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 > > Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 > > frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 > > Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 > > Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 > > Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 > > Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 > > Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 > > Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 > > Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 > > > > > > > > Saludos, > > > > Miguel > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > [email protected] > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > [email protected] > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > [[alternative HTML version deleted]] ------------------------------ Message: 5 Date: Fri, 13 Jun 2014 14:03:02 +0200 From: Manuel Azcárate <[email protected]> To: Miguel Lázaro <[email protected]> Cc: [email protected] Subject: Re: [R-es] p values con LMER Message-ID: <CAMRNioGj4oHktjGAUt+uX7d9K20vo+HsM5aD=d7ka-o1b00...@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain Hola de nuevo, No estoy seguro de porque te sale ese error. Por lo que veo en el resultado que obtienes, ¿podrÃa ser porque le faltan las primeras comillas al Chisq?. Tendria que ser: anova(a,as,test=â€Chisq") Saludos Manuel El 13 de junio de 2014, 13:50, Miguel Lázaro <[email protected]> escribió: > Hola Manuel > lo he tratado de hacer pero me sale > > Error: unexpected string constante in: > > "anova(a,as,test=Chisq") > > no tengo ni idea de por qué... > > Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible > hacerse con ello? > > Saludos, > Miguel > > > > -------------------------------------------- > El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <[email protected]> escribió: > > Asunto: Re: [R-es] p values con LMER > Para: "Miguel Lázaro" <[email protected]> > CC: [email protected] > Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 > > > > Hola Miguel, > > > Aunque algo más arduo que > algún paquete que lo calcule > directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin > la variable de la > que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test > anova. El valor > obtenido por esta comparación puede utilizarse con el > pvalor de esa variable. > > > Por ejemplo: > > Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > Z_nsize * frebase_ln + (1|word), > data = x) > > Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize > * frebase_ln + (1|word), data = > x) > > anova(Lm1,Lm2, > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > la variable “fre_ln†> > > > Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > frebase_ln + (1|word), data = x) > > anova(Lm1,Lm3, > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > la variable “ Z_nsize†> > > > Espero que te sea de > utilidad, > > Un saludo > > Manuel > > > > El 13 de junio de 2014, > 12:25, Miguel Lázaro <[email protected]> > escribió: > > Hola > a todos, > > querÃa preguntaros un medio para obtener los valores p > usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me > habÃan recomendado, pero por algún motivo no está ya > disponible etc. > > > > Ésta es la función que tengo, pero da las "t", > sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por > encima de 2 son significativos necesito saber las p. > > > > resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + > (1|word) data = x) (abreviado) > > = print (resultado, c=F) > > > > Fixed effects: > > Estimate Std. Error t value > > (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 > > fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 > > Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 > > frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 > > Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 > > Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 > > Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 > > Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 > > Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 > > Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 > > Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 > > > > > > > > Saludos, > > > > Miguel > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > [email protected] > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > [[alternative HTML version deleted]] ------------------------------ _______________________________________________ R-help-es mailing list [email protected] https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es Fin de Resumen de R-help-es, Vol 64, Envío 21 _______________________________________________ R-help-es mailing list [email protected] https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
