Hola a todos, de nuevo:
en primer lugar, quisiera agradecer vuestras respuestas a mi consulta.
Esta misma mañana las vamos a poner en práctica y veremos qué tal
funciona el script, primero cambiando la función link y luego con el
"cebado" de glm.nb.
Lamentablemente, muchas veces somos usuarios de "recetas" que no
comprendemos en su totalidad, de ahí surgen problemas como el que os he
transmitido. Muchas gracias, sobre todo, por enseñar a través de
vuestras respuestas y no sólo facilitar una solución.
Un saludo para todos
Jorge
El 13/11/14 a las 16:44, Carlos J. Gil Bellosta escribió:
Hola, ¿qué tal?
Quiero abundar en el mensaje de Olivier y añadir que no entiendo del
todo el que uses link = "identity". ¿Por qué no usar la canónica? En
tal caso, el ajuste no da problemas.
La función glm.nb sin una estimación previa de theta trata de ajustar
primero un glm de Poisson para extraer de él luego valores de inicio
razonables de ese parámetro para el ajuste de la binomial negativa. Es
justo en la estimación de ese modelo de Poisson que se produce tu
errror.
Por lo tanto, lo discutido en
https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2004-November/061611.html
se aplica a tu caso. En ese mensaje se advierte sobre la posibilidad
de obtener mus negativas (y su imposibilidad física) usando link =
"identity". Que el error obtenido incluya "In log(y/mu) : Se han
producido NaNs" sugiere que en algún momento --¿durante el ajuste?--
la estimación de mu es negativa.
Igual con "valores de arranque" adecuados (como sugiere Olivier)
desaparecería el problema. Pero tal vez es más sencillo usar el enlace
canónico.
Un saludo,
Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com
El día 13 de noviembre de 2014, 16:12, Olivier Nuñez <[email protected]> escribió:
Bueno, es posible que los altos valores de tu respuesta (la media de Fobs es
alrededor de 10000) y la escasez de datos validos (el 90% de los valores de
Fobs son NA) hagan la vida dificil a glm.nb. Puedes probar ayudar glm.nb con
valores de arranque razonables para este tipo de datos.
Prueba con
glm.nb(Fobs ~ Wnov, data=adults.dat,
na.action="na.omit",link="identity",start=batch.glm$coef)
donde batch.glm es el ajuste con los datos "bien".
Un saludo. Olivier
----- Mensaje original -----
De: "Jorge Tornero - Listas" <[email protected]>
Para: "r-help-es" <[email protected]>
Enviados: Jueves, 13 de Noviembre 2014 14:10:29
Asunto: [R-es] Comportamiento extraño de glm.nb
(Perdón, no puse asunto en el post original)
Ah, corremos R 3.0.2 y l alibrería MASS 7.3-29
Estimados todos:
Os escribo porque tengo un problema que nos está dejando un poco
trastornadillos. Probablemente sea uno de esos que los ve un experto a
un kilómetro y dice ¡oh! toca aquí. Pero nos trae de cabeza.
El caso es que aquí usamos un script para calcular ciertos parámetros
relacionados con el método de producción diaria de huevos del boquerón
del Golfo de Cádiz. Es un script que venimos usando desde hace tiempo
sin problema.
Pero ahora nos da un problema (línea 292) en :
batch.glm <- glm.nb(Fobs ~ Wnov, data=adults.dat,
na.action="na.omit",link="identity",start=0)
Error: no valid set of coefficients has been found: please supply
starting values
Además: Mensajes de aviso perdidos
In log(y/mu) : Se han producido NaNs
Aparte de que la documentación e información sobre el particular error
no es abundante, he aquí lo que nos desconcierta: Ese mismo script, con
datos similares (pero de otra campaña), corre perfectamente.
He probado a eliminar datos potencialmente conflictivos, pero nada. Los
archivos con los datos están generados exactamente de la misma manera
(salida de una base de datos postgresql, con idéntica consulta)
Se han revisado los datos y no aparece nada exótico. La verdad es que
estoy un poco desorientado, y por eso escribo a la lista.
He dejado una copia del script, así como de los datos, por si alguien se
animara a echar un vistazo en un gist en mi cuenta de github:
https://gist.github.com/734170b42c8307276451.git
Muchas gracias y un saludo
Jorge Tornero
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