


sur<-function (remision) 
  {

  Surv(time)
  Surv(time,cens)
  
  srem<-Surv(time,cens)
  srem
  
  is.Surv(time)
  is.Surv(srem)
  
  svf=survfit(Surv(time,cens)~1)
  svf= survfit(srem~1)
  svf
  
  #Estimadores  de K-M para S
  summary(survfit(srem~1))
  summary(svf)
  srem
  
  #Estimadores  de F-H para S
  summary(survfit(srem~1,type="fl"))
  
  #Estimadores  de N-A para S
  summary(survfit(srem~1,type="fh2"))
  
  
  #Estimación de la varianza para el estimador K-M de S, formula de Greenwood 
  summary(survfit(srem~1,error="g"))
  
  #Estimación de la varianza para el estimador K-M de S, formula de Tsiatis
  #summary(survfit(srem~1,error="tsiatis"))
  
  #Curva de la supervivencia
  plot(svf)
  
  #Curva de la supervivencia adornada
  plot(svf, xlab='time',ylab='Supervivencia')
  title('Curva de Supervivencia')
  
  #Para obtener el estimador de la función del riesgo acumulado de N-A
  svfNA= survfit(srem~1,type="fh2")
  fraNA= -log(svfNA$surv)
  
  plot(fraNA,type="s",lty=1,xlab="tiempo",ylab="Riesgo Acumulado")
  title('Curva del Riesgo Acumulado')
  
  #Mirar la diferencia
  ?survfit.object
  ?summary.survfit
  
  #Error estandar del estimador de la función de riesgo acumulado
  survfit(Surv(time,cens)~1)$std.err
  #Error estandar del estimador de la función de supervivencia
  summary(survfit(Surv(time,cens)~1))$std.err
  
  
  #Ajuste por la covariante, treat
  form.surv<-Surv(time,cens)~treat
  
  remision.surv<-survfit(form.surv)
  summary(remision.surv)
  
  remision.surv[1]
  summary(remision.surv[1])
  remision.surv[2]
  summary(remision.surv[2])
  
  
  #Graficos de la supervivencia por covariante
  plot(remision.surv,axes=F,xlab="Time(in months)",ylab="Survival",lty=1:2)
  axis(1,at=seq(0,35,5))
  axis(2,at=seq(0,1,0.1))
  title("Time until relapse")
  legend(1,0.15,c("Control group","6-MP group"),lty=1:2)
  
  plot(remision.surv,xlab="Time(in months)",ylab="Survival",lty=1:2)
  legend(locator(1),c("Control group","6-MP group"),lty=1:2)
  
  
  #Pruebas de hipotesis: Comparación de Curvas de Supervivencias
  survdiff(Surv(time,cens)~treat)           # test de log-rang, rho=0.
  survdiff(Surv(time,cens)~treat,rho=1)     # test extendida de Gehan (p-p)
  survdiff(Surv(time,cens)~treat,rho=0.5)   # test para diferencias tempranas
  survdiff(Surv(time,cens)~treat,rho=2)     # test para diferencias tardias
  
  
  #    Modelo de Cox
  
  remision<-read.table("remision.txt",header=T)
  head(remision)
  attach(remision)
  names(remision)
  
  
  #Ajutes del modelo de Cox mediantes coxph
  
  cox1<-coxph(Surv(time, status) ~ treat , remision) 
  
  summary(cox1)
  
  
  
  #Comprobación de la proporcionalidad de riesgo del modelo mediante cox.zph
  cox1treat<-coxph(Surv(time,cens)~treat)
  cox.zph(cox1treat)
  names(cox.zph(cox1treat))
  
  plot(cox.zph(cox1treat))
  
  #Residuales del modelos Cox
  
  residuals(cox1treat)
  plot(residuals(cox1treat,type="schoenfeld"))
  
  }



