Hola buenos dias, ya he hecho la prueba, ha ido de maravilla
Por un lado he aplicado la idea de Carlos Gil (donde la verdad, tenia que
haberlo sabido yo pero estaba ofuscado y si no es por esas 3 lineas no lo veia
claro), y por otro el codigo de mi tocayo, Francisco (cuyo primer apellido es
igual al mio tambien) y con unas ligeras adaptaciones que os resumo a
continuacion (eso me ha permitido ir directamente a la instruccion que necesito
que era render y que la verdad, no sabia como iba a funcionar pero
practicamente permite convertir un Rmd en una plantilla que la puedes llamar
desde R, lo que es una idea muy potente que no conocia), por si a alguno que
otro le puede ayudar, ha hecho exactamente lo que yo queria. Expongo el codigo
que he usado para llamar a mi Rmd:
library(rmarkdown)
n.ayunt <- 2
for (i in 1:n.ayunt){ write.csv(i, "D:\\ ... \\PRECONFIGURACION.csv")
render(input = "D:\\ ... \\Plantilla_01.Rmd", output_file =
paste0("D:\\ ... \\SALIDA_FINAL\\Prueba", i, ".html")) }
Claramente la orden clave aqui es render, pero en la plantilla .Rmd tuve que
hacer una ligera modificación para que leyera el dato que construyo por fuera a
partir de un .csv (siguiendo la guia de Carlos) denominado PRECONFIGURACION,
dicha modificacion implica que para que corra el proceso debo modificar la
primera chunk que esta en mi .Rmd y que permite que se ejecute todo a traves de
un valor de la variable i:
```{r echo = FALSE}
ANIO_ACTUAL<-2015
CONF <- read.csv("D:\\ ... \\PRECONFIGURACION.csv", sep = ",")
i <- CONF$x
...``` Como todos los calculos depende del valor de i que realmente es un puntero que busca en otros ficheros filas que contienen toda la informacion necesaria, se pudo hacer lo que queria. Realmente el tema de pasarlo a PDF es secundario. Para lo que quiero con esto es suficiente para seguir avanzando en el proyecto. De todos modos le dare mas adelante una vuelta al tema PDF cuando pueda hacer pruebas desde casa. Un saludo y muchas gracias por la ayuda PD Todo lo anterior lo he escrito en un word para que su legibilidad sea mejor porque el formato de la lista es el que es > Date: Thu, 2 Jul 2015 19:35:14 +0200 > From: [email protected] > To: [email protected]; [email protected] > Subject: Re: [R-es] Pregunta sobre RMarkdown > > Gracias. Lo pruebo mañana y os comento, un saludo > > Enviado desde mi smartphone Sony Xperia™ > > Francisco Rodriguez Sanchez <[email protected]> wrote: > > >Hola Francisco, > > > >Es muy fácil generar múltiples informes basados en un único documento > >Rmarkdown. Simplemente ejecuta un código similar a este: > > > >library(rmarkdown) > > > >dataset <- read.csv("your_dataset.csv") > > > >n.ayunt <- 100 # número de ayuntamientos (también se podría > >identificar a partir del dataset) > > > >for (i in 1:n.ayunt){ > >ayunt <- dataset$ayuntamiento[i] > >render(input = "myRmddoc.Rmd", output_file = paste0(ayunt, ".html")) > >} > > > >El documento 'myRmddoc.Rmd' debe usar simplemente 'ayunt' como datos. El > >for loop hará que ayunt sea diferente cada vez. > > > >Más info aquí: > >http://stackoverflow.com/questions/28368150/automatically-generated-reports-using-rmarkdown > > > >Suerte! > > > >Paco > > > > > > > > > > > >El 02/07/2015 a las 16:24, Francisco Rodríguez escribió: > >> Hola Carlos, qu� tal > >> Me interesa el c�mo hacer el paso 2, es decir, me valdr�a que con un > >> c�digo R pueda llamar al fichero Rmd, y que me permitieseguardar el html > >> que genera con un nombre que yo mismo pudiese controlar. Trato de ver si > >> encuentro algo, pero si me das alguna indicaci�n lo pruebo entre hoy y > >> ma�ana > >> Un saludo y gracias > >> > >> > >>> Date: Thu, 2 Jul 2015 16:16:52 +0200 > >>> From: [email protected] > >>> To: [email protected] > >>> Subject: Re: [R-es] Pregunta sobre RMarkdown > >>> > >>> Hola, �qu� tal? > >>> > >>> Lo que puedes hacer es que tu fichero Rmd lea el par�metro de un > >>> fichero externo. Entonces, creas un script que: > >>> > >>> 1) Actualice el valor del �ndice en ese fichero externo. > >>> 2) Compile el Rmd y le d� el nombre que te interesa. > >>> 3) Vuelva a (1). > >>> > >>> Salud, > >>> > >>> Carlos J. Gil Bellosta > >>> http://www.datanalytics.com > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> El d�a 2 de julio de 2015, 16:08, David Duncan > >>> <[email protected]> escribi�: > >>>> Francisco, > >>>> > >>>> �As� que todo que quieres imprimir a html o pdf sea contenido dentro de > >>>> un > >>>> solo chunk? Quiz�s por mis limitaciones en el espa�ol no veo muy claro > >>>> si > >>>> tu problema pertenece espec�ficamente a markdown o no. > >>>> > >>>> Yo busco una soluci�n parecida en ingl�s el otro d�a, porque quiero > >>>> generar > >>>> y guardar en archivo conjuntos de datos ligeramente distintos para mis > >>>> estudiantes (los que son mayoritariamente copiones). De modo que > >>>> conseguir� este tema, y te aviso si encuentro algo por StackOverflow. > >>>> > >>>> > >>>> > >>>> 2015-07-02 8:33 GMT-05:00 Francisco Rodr�guez <[email protected]>: > >>>> > >>>>> Hola Carlos, creo que no resuelve el problema, de hecho otra de las > >>>>> cosas > >>>>> que no he conseguido a�n es generar sencillamente el PDF (con los html > >>>>> para > >>>>> generarlos 1 a 1 sin pb). > >>>>> Siempre suelo obtener el error. Esto me aparece al ejecutar > >>>>> myReport$export(): > >>>>> You may install Pandoc easily with "install.pandoc()" from the > >>>>> "installr" > >>>>> package.Error in Pandoc.convert(fp, format = .self$format, proc.time = > >>>>> as.numeric(proc.time() - : It seems Pandoc is not installed or path > >>>>> of > >>>>> binary is not found. > >>>>> > >>>>> Es cierto que el ordenador que estoy usando es el del trabajo y seguro > >>>>> que > >>>>> por tema de antivirus puede que haya alg�n problema (adem�s de que mi > >>>>> torpeza), pero tengo instalado el Pandoc, y he reiniciado la m�quina y > >>>>> estoy actualizado a la �ltima versi�n de R y RStudio > >>>>> Adem�s al seguir el ejemplo que aparece donde indicas, me aparece el > >>>>> siguiente mensaje cuando ejecuto por ejemplo > >>>>> myReport$add(matrix(5,5,5)); > >>>>> Dicho error es: Error: cannot allocate buffer > >>>>> Probar� desde mi casa a si pillo algo de tiempo y ya os cuento, pero > >>>>> sobre > >>>>> el problema inicial creo que aunque resolviese los anteriores errores > >>>>> a�n > >>>>> quedar�a abierto porque en no consigo ver c�mo a partir del ejemplo > >>>>> pasar a > >>>>> lo que quiero. > >>>>> Un saludo y en todo caso muchas gracias, estoy mirando cosas por mi > >>>>> cuenta > >>>>> a ver si lo resuelvo > >>>>> > >>>>> > >>>>> Date: Thu, 2 Jul 2015 12:02:57 +0200 > >>>>> Subject: Re: [R-es] Pregunta sobre RMarkdown > >>>>> From: [email protected] > >>>>> To: [email protected] > >>>>> CC: [email protected] > >>>>> > >>>>> Hola Francisco, > >>>>> > >>>>> Puedes utilizar el paquete "pander" para hacer lo que buscas. > >>>>> Es equivalente a knitr para generar c�digo markdown que luego con Pandoc > >>>>> (lo tienes que tener instalado en tu equipo) genere el pdf o el html > >>>>> final. > >>>>> > >>>>> Como ejemplo mira en su p�gina: > >>>>> > >>>>> http://rapporter.github.io/pander/ > >>>>> > >>>>> la secci�n "Live report generation" en la que aparece detallado y > >>>>> comentado un ejemplo. > >>>>> Puedes tener un programa "R" que de forma din�mica genere v�a comandos > >>>>> "pander" cada uno de los informes que quieres. > >>>>> > >>>>> Saludos, > >>>>> Carlos Ortega > >>>>> www.qualityexcellence.es > >>>>> > >>>>> El 2 de julio de 2015, 9:43, Francisco Rodr�guez <[email protected]> > >>>>> escribi�: > >>>>> Hola buenos dias, tengo una duda con RMarkdown que no se si tiene facil > >>>>> apanio. > >>>>> > >>>>> Resulta que para un trabajo que estoy haciendo necesito que se ejecute > >>>>> el > >>>>> siguiente codigo n-veces > >>>>> > >>>>> ```{r echo = FALSE} > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> ANIO_ACTUAL<-2015 > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> i=1 > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> CONFIGURACION <-read.csv("D:\\ � \\CONFIGURACION.csv",sep > >>>>> > >>>>> = ",") > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> AYUNT <- as.character(CONFIGURACION$AYUNTAMIENTO[i]) > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> ``` > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> ##Situaci�n de `r AYUNT` > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> Al ejecutar este c�digo genera un fichero html que podemos denominar: > >>>>> > >>>>> Ejemplo.html > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> Tal y como est� escrito el programa, si quiero ejecutar para el > >>>>> siguiente > >>>>> ayuntamiento tengo que hacer lo siguiente: > >>>>> > >>>>> ```{r echo = FALSE}ANIO_ACTUAL<-2015i=2CONFIGURACION <-read.csv("D:\\ � > >>>>> \\CONFIGURACION.csv",sep = ",")AYUNT <- > >>>>> as.character(CONFIGURACION$AYUNTAMIENTO[i])```##Situaci�n de `r AYUNT` > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> Es decir, cambio el parametro i y tengo la generaci�n de un nuevo html > >>>>> que > >>>>> machaca el anterior: > >>>>> > >>>>> Ejemplo.html > >>>>> > >>>>> Mi pregunta es si puedo hacer algo del tipo que me permita, dentro del > >>>>> codigo r incrustado en el markdown, ir cambiando el parametro i como si > >>>>> fuera un bucle, de modo que no lo tenga que hacer manualmente y que > >>>>> ademas > >>>>> para cada caso me genere un html distinto, es decir algo del tipo: > >>>>> > >>>>> Ejemplo1.html > >>>>> Ejemplo2.html > >>>>> > >>>>> Un saludo y muchas gracias > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> [[alternative HTML version deleted]] > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> _______________________________________________ > >>>>> > >>>>> R-help-es mailing list > >>>>> > >>>>> [email protected] > >>>>> > >>>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> > >>>>> -- > >>>>> Saludos, > >>>>> Carlos Ortega > >>>>> www.qualityexcellence.es > >>>>> > >>>>> [[alternative HTML version deleted]] > >>>>> > >>>>> > >>>>> _______________________________________________ > >>>>> R-help-es mailing list > >>>>> [email protected] > >>>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >>>>> > >>>>> > >>>> [[alternative HTML version deleted]] > >>>> > >>>> _______________________________________________ > >>>> R-help-es mailing list > >>>> [email protected] > >>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >>> _______________________________________________ > >>> R-help-es mailing list > >>> [email protected] > >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >> > >> [[alternative HTML version deleted]] > >> > >> > >> > >> _______________________________________________ > >> R-help-es mailing list > >> [email protected] > >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > >-- > >Dr Francisco Rodriguez-Sanchez > >Integrative Ecology Group > >Estacion Biologica de Doñana - CSIC > >Avda. Americo Vespucio s/n > >41092 Sevilla (Spain) > >http://bit.ly/frod_san > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > >_______________________________________________ > >R-help-es mailing list > >[email protected] > >https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > [email protected] > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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