Hola, Prueba a ejecutar el ejemplo que aparece en esta página:
http://www.rdocumentation.org/packages/ips/functions/raxml Creo que por un lado tienes que indicar dónde están tus datos (esto lo haces con la función "setwd()") y por otro tienes que indicar dónde está el ejecutable (el .exe) de "raxml". En la página que te he comentado aparece la referencia donde tienes que incluir el path para el ejecutable así: exec <- NULL # replace by your RAxML path Si sigues con problemas, quizás tengas que plantear la duda en el grupo de discusión que tiene este paquete: https://groups.google.com/forum/#!forum/raxml Parece que usas Windows, y seguramente necesite de una configuración diferente. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 15 de julio de 2015, 13:00, nuria bs <[email protected]> escribió: > Buenas, > > Intento hacer el analisis con raxml pero me da siempre el mismo error y no > se como solucionarlo. Creo que este error se debe a que el archivo > "raxmlHPC.exe" no se ejecuta bien en mi ordenador, ya que aparece la > consola durante unos segundos y luego desaparece rapidamente. Os mando mis > datos y el trozo de script que me da errores . > Como puedo solucionarlo? En elc aso que sea culpa del archivo ".exe" que > debo hacer? > > > > > > > > > > > > *# SCRIPT# RaxML:setwd("C:/Filogenia/Central_2")x > <-read.dna(file="Conca.fas", format = > "fasta")setwd("C:/Filogenia/raxmlGUI15b1/raxmlgui/raxml")raxml_tree <- > raxml(x, runs = 20, path = > "C:/Filogenia/raxmlGUI15b1/raxmlgui/raxml/raxmlHPC")raxml.tree* > *# CONSOLE:* > > x <-read.dna(file="Conca.fas", format = "fasta") > > > setwd("C:/Filogenia/raxmlGUI15b1/raxmlgui/raxml")> raxml_tree <- raxml(x, > > runs = 20, path = FALSE)Error in setwd(path) : character argument expected> > > raxml_tree <- raxml(x, runs = 20, path = TRUE)Error in setwd(path) : > > character argument expected > > > > Gracias por su tiempo!! > > nuria > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > [email protected] > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list [email protected] https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
