Hola, M. Luz.
Hay infinidad de motivos por los que se te puede cortar la lectura de un 
archivo de datos, pero los más habituales son encontrar un "#" o unas "" en los 
registros, o una línea toda en blanco.
Lo primero yo creo que es dejar el archivo en texto plano (lo que te 
recomendaba Carlos de usar el original, no el docx), y buscar esos caracteres 
con un editor de texto plano tipo Notepad. Los puedes eliminar si no cumplen 
ninguna función.
Yo te recomiendo usar read.table que te permite configurar estos detalles. En 
concreto:

comment.char = ""  no te corta la lectura de fichero como si fuera un 
comentario, te lo añade a la cadena (eso si quieres usar el carácter, si no 
elimínalo)
quote = ""  lo mismo con la comilla como comienzo de una cadena

Pero verás que hay muchísimas más opciones que te evitan que se corte la 
lectura (blank lines, ...) o que te rellene con NA's si no encuentra todas las 
columnas del header (flush = TRUE).
Luego pasas a data.table con data.table(objeto_que_has_leido) y ya está.

read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = "\"'",
           dec = ".", numerals = c("allow.loss", "warn.loss", "no.loss"),
           row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors,
           na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1,
           skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip,
           strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE,
           comment.char = "#",
           allowEscapes = FALSE, flush = FALSE,
           stringsAsFactors = default.stringsAsFactors(),
           fileEncoding = "", encoding = "unknown", text, skipNul = FALSE)


Saludos,
Pedro

=============
En respuesta a:

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Message: 2
Date: Tue, 29 Sep 2015 16:55:05 +0200
From: MªLuz Morales <mlzm...@gmail.com><mailto:mlzm...@gmail.com>
To: r-help-es <r-help-es@r-project.org><mailto:r-help-es@r-project.org>
Subject: [R-es] sobre fread {data.table}
Message-ID:
        
<canmatom+srrtfobrysrgoudxdxvtrk21_e7le0rrb8enmmi...@mail.gmail.com><mailto:canmatom+srrtfobrysrgoudxdxvtrk21_e7le0rrb8enmmi...@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"

Buenas tardes,

intento almacenar el contenido de un archivo .docx en un data.table, pero
solo me devuelve 1855 filas cuando deberñian ser 6821.

Sin embargo, el mismo archivo se me descarga completo usando read_docx
{qdapTools}, pero este devuelve un vector carácter y no es lo que quiero.

¿Alguien sabe donde puede estar el problema?

Nota: El docx procede de un archivo .rel que descargué de internet, al cual
cambié la extensión por .doc y una vez abierto guardé como docx.

Gracias!!
Un saludo
MªLuz


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Pedro Concejero
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