Estimado Javier,
El problema de simplify es que no sabe cómo mezclar las aristas a no ser que se
lo indiques explícitamente.
No sé si por defecto se quedará con la primera o la última arista.
En cualquier caso, como parece que para tu objetivo esto es algo crítico, tiene
remedio.
Tú sólo quieres calcular fastgreedey.community pero teniendo en cuenta si
existen más de una arista entre dos nodos. Esta función tiene en cuenta los
pesos si existe una variable ‘weight’.
1) Añade una variable weight a tu grafo, a todas las aristas, con peso 1
E(udatos)$weight <- 1
2) Simplifica el grafo. Por defecto, simplify suma las variables weight, si
existen.
udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight="sum”))
Pero puedes añadir la función que quieras:
udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb =
list(weight=function(w) {1 / sum(w)} ))
Dependiendo de si quieres dar un efecto positivo o negativo al hecho de que
hayan más de una arista entre dos nodos.
De igual forma, podrías añadir funciones específicas para que simplify sepa
cómo combinar atributos de aristas repetidas:
udatos.simple <- simplify(udatos, edge.attr.comb = list(weight="sum",
"Descripcion A"=function(descr) {…}, “DescripcionB"=function(descr) {...}))
3) Ejecutas fastgreedy.community
fastgreedy.community(udatos.simple)
Si tuvieras que usar una relación de pesos más compleja, siempre la puedes
indicar explícitamente en la función:
fastgreedy.community(udatos.simple, weights = weights.vector)
donde weights.vector es es un vector de valores, de tamaño
ecount(udatos.simple); un valor por arista.
Espero que esto te sea de ayuda y solucione tu problema.
Un cordial saludo,
Luisfo Chiroque
PhD Student
IMDEA Networks Institute
http://fourier.networks.imdea.org/people/~luis_nunez/
<http://fourier.networks.imdea.org/people/~luis_nunez/>
> El 1 abr 2016, a las 15:13, Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcu...@gmail.com>
> escribió:
>
> Estimado Luisfo Chiroque
>
> Hay aristas múltiples, eso es por la preparación de los datos, es que separe
> por componentes, no me refiero al término componente estadístico, sino a
> descomposición de algo en los componentes que lo construyen, algunos son
> comunes y otros no, cuándo son comunes hay una relación en la red.
>
> Voy a probar con simplify, cuándo lo leí yo lo descarté, lo releeré, ¿Qué
> opina de usar weighted=TRUE?, ¿Esto contaría las aristas duplicadas
> simplificando en un peso o el enfoque es diferente?
>
> Javier Rubén Marcuzzi
>
> De: Luisfo Chiroque <mailto:luisf...@yahoo.es>
> Enviado: viernes, 1 de abril de 2016 2:59
> Para: Javier Marcuzzi <mailto:javier.ruben.marcu...@gmail.com>
> CC: r-help-es@r-project.org <mailto:r-help-es@r-project.org>
> Asunto: Re: [R-es] R igraph
>
> Estimado Javier,
>
> En mensaje de error la función se queja de que sólo funciona con grafos sin
> aristas multiples.
> Seguramente haya más de una arista entre algún par de nodos.
> Esto, se puede solucionar usando simplify()
> fastgreedy.community(simplify(udatos))
> No sé qué implicaciones tendrá en cuanto al resultado que saque. Depende de
> la importancia de las aristas múltiples en lo que estés haciendo.
> En cualquier caso, si te interesara, creo que a simplify se le puede añadir
> la forma en la que quieres que te ‘combine’ las aristas cuando son múltiples.
>
> Espero que te sirva.
>
> Un saludo,
> Luisfo
>
>
> > El 1 abr 2016, a las 1:31, Javier Marcuzzi
> > <javier.ruben.marcu...@gmail.com> escribió:
> >
> > Estimados
> >
> > Copio un mensaje de error que da igraph, es más fácil verlo que explicarlo.
> >
> >> fastgreedy.community(udatos)
> > Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph, as.logical(merges),
> > :
> > At fast_community.c:553 : fast-greedy community finding works only on
> > graphs without multiple edges, Invalid value
> >> cluster_louvain(udatos)
> > IGRAPH clustering multi level, groups: 7, mod: 0.26
> > + groups:
> > $`1`
> > [1] "Ficha 1127" "Ficha 1309" "Ficha
> > 1530" "Ficha 603" "mes 2"
> >
> >
> > Los datos están de esta forma: (udatos son los mismos pero - udatos
> > <-as.undirected(datos.network))
> >> head(get.data.frame(dIgraph.network))
> > from to Descripcion A
> > Descripcion B Relacion
> > 1 Ficha 1022 mes 10 Ficha Mes
> > Ficha Mes
> > 2 Ficha 1024 mes 8 Ficha Mes
> > Ficha Mes
> > 3 Ficha 1028 mes 2 Ficha Mes
> > Ficha Mes
> > …
> >
> > Esperando que sea entendible mi correo, ¿Dónde tendré el problema? ¿En la
> > preparación de los datos?
> > Desde ya, gracias.
> >
> > Javier Rubén Marcuzzi
> >
> >
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