Hola Freddy,

Muchas gracias por la respuesta. Lo he probado y no ha funcionado. Una vez 
ejecutado update.packages(ask = FALSE, checkBuilt = TRUE)​, cuando entro en R 
desde la terminal con: 
$ sudo R 

y ejecuto la app:

> library(shiny)
> runExample("01_hello")

me aparece el mensaje de error que adjunto en un txt.

En cambio, cuando entro en R desde la terminal simplemente con:
$ R 
sí que me aparece la aplicación de 01_hello y funciona bien.

Viendo el mensaje de error, he probado a poner google-chrome como servidor por 
defecto (en lugar de firefox), pero entrando con $ sudo R la app sigue sin 
abrirse y entrando con $ R sí que se sigue abriendo, es decir, la app se abre 
en el servidor que esté definido por defecto, que es como debería ser, tanto 
entrando con $ sudo R como desde RStudio, donde tampoco se abre.

He mirado si es un problema de las librerías y RStudio y R sin ser root tienen 
las mismas:

$ sudo R
> libPaths()
[1] "/usr/lib64/R/library" 
[2] "/usr/share/R/library"

$ R
> libPaths()
[1] "/home/guillevinue/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4"
[2] "/usr/lib64/R/library"                                   
[3] "/usr/share/R/library" 

En RStudio:
> .libPaths()
[1] "/home/guillevinue/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4"
[2] "/usr/lib64/R/library"                                   
[3] "/usr/share/R/library" 

¿Alguna posible sugerencia?

Saludos,

Guillermo

> ​Hola Guillermo.
> ​
> 
> "Reinstalling packages with the new version of R" dice "The following code
> > should be run as root after upgrading R on Linux". Esto podría ser una
> > solución pero ciertamente no sé cómo hacerlo porque en la terminal:
> > $ sudo update.packages(ask = FALSE, checkBuilt = TRUE)
> > no se puede ejecutar.
> >
> 
> ​¿Servirá escribir desde la terminal
> 
> sudo R​
> >
> 
> ​ingresar la contraseña y luego actualizar con
> 
> update.packages(ask = FALSE, checkBuilt = TRUE)​
> 
> 
> ?
> 
> ​Haznos saber.
> 
> ¡Salud!​
> 
> -- 
> «Pídeles sus títulos a los que te persiguen, pregúntales
> cuándo nacieron, diles que te demuestren su existencia.»
> 
> Rafael Cadenas
> 

> library(shiny)
> runExample("01_hello")

Listening on http://127.0.0.1:6671
No protocol specified
Unable to init server: Could not connect: Connection refused
Error: cannot open display: :0
/usr/bin/xdg-open: line 832: x-www-browser: command not found
No protocol specified
Unable to init server: Could not connect: Connection refused
Error: cannot open display: :0
/usr/bin/xdg-open: line 832: iceweasel: command not found
/usr/bin/xdg-open: line 832: seamonkey: command not found
/usr/bin/xdg-open: line 832: mozilla: command not found
No protocol specified
Unable to init server: Could not connect: Connection refused
Failed to parse arguments: Cannot open display: 
/usr/bin/xdg-open: line 832: konqueror: command not found
/usr/bin/xdg-open: line 832: chromium-browser: command not found
No protocol specified

(google-chrome:3239): Gtk-WARNING **: cannot open display: :0
/usr/bin/xdg-open: line 832: www-browser: command not found
/usr/bin/xdg-open: line 832: links2: command not found
/usr/bin/xdg-open: line 832: elinks: command not found
/usr/bin/xdg-open: line 832: links: command not found
/usr/bin/xdg-open: line 832: lynx: command not found
/usr/bin/xdg-open: line 832: w3m: command not found
xdg-open: no method available for opening 'http://127.0.0.1:6671'


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