Buenas. El Paquete pdp es muy fácil de usar, pero cuando se lo aplico
a mis datos me da:
Error in eval(stats::getCall(object)$data) : object 'x.data' not found.
Os copio abajo un ejemplo de aplicación a un RF. El mio es de un
boosted regression trees (paquete gbm). No sé si esa puede ser la
razón del error. En el paquete pdp no especifica que sea solo para RF,
aunque en los ejemplos que encontré nunca eran de boosted ... Solo de
RF y SVM.
Gracias,
Manuel
library(pdp)
data (boston) # load the boston housing data
set.seed(101) # for reproducibility
boston.rf <- randomForest(cmedv ~ ., data = boston)
# Partial dependence of cmedv on lstat and rm
pd <- partial(boston.rf, pred.var = c("lstat", "rm"), chull = TRUE)
head(pd) # print first 6 rows
#> lstat rm yhat
#> 1 7.5284 3.66538 24.13683
#> 2 8.2532 3.66538 23.24916
#> 3 8.9780 3.66538 23.13119
#> 4 9.7028 3.66538 22.13531
#> 5 10.4276 3.66538 20.62331
#> 6 11.1524 3.66538 20.51258
Quoting Carlos Ortega <c...@qualityexcellence.es>:
Hola,
A "treesize()" le tienes que pasar como parámetro el objeto randomForest de
tu modelo.
Y obtiene el número de nodos de cada uno de los árboles que hayas indicado
en el valor del parámetros "ntrees" de "randomForest". Por defecto "ntrees"
tiene un valor de 500.
Mira qué valor tiene "ntrees" en tu modelo "randomForest", que seguramente
le hayas indicado un valor de 1000...
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 17 de enero de 2018, 14:29, Manuel Mendoza <mmend...@mncn.csic.es>
escribió:
Buenas tardes a todos. El paquete randomForest tiene la función treesize,
que es el nº de nodos. Me dan valores realmente elevados (en torno a 1000),
y eso me parece extraño. ¿sabéis si es así?
Gracias,
Manuel
--
Dr Manuel Mendoza
Department of Biogeography and Global Change
National Museum of Natural History (MNCN)
Spanish Scientific Council (CSIC)
C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
Spain
_______________________________________________
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
--
Dr Manuel Mendoza
Department of Biogeography and Global Change
National Museum of Natural History (MNCN)
Spanish Scientific Council (CSIC)
C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
Spain
_______________________________________________
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
