[R] persuade tabulate function to count NAs in a data frame

[Bodnar Laszlo EB_HU]

Hi,

I'd like to ask you a question again. It is basically about data frames, NAs 
and tabulate function.

I have this data frame. I already used this in one of the previous questions of 
mine. It intentionally looks this simple, my real 'df' dataframe is much bigger 
actually and again, I am not willing to annoy anyone with huge databases... So, 
my database:

id <-c(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3)
a <-c(3,1,3,3,1,3,3,3,3,1,3,2,1,2,1,3,3,2,1,1,1,3,1,3,3,3,2,1,1,3)
b <-c(3,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,1,3,2,1,1,1,2,1,3,1,2,2,1,3,3,2,3,2)
c <-c(1,3,2,3,2,1,2,3,3,2,2,3,1,2,3,3,3,1,1,2,3,3,1,2,2,3,2,2,3,2)
d <-c(3,3,3,1,3,2,2,1,2,3,2,2,2,1,3,1,2,2,3,2,3,2,3,2,1,1,1,1,1,2)
e <-c(2,3,1,2,1,2,3,3,1,1,2,1,1,3,3,2,1,1,3,3,2,2,3,3,3,2,3,2,1,4)
df <-data.frame(id,a,b,c,d,e)
df

I have managed to calculate the distributions of the numbers occurring in 
columns 'b' to 'e' but considering the fact at the very same time that these 
distributions should be 'groupped by' the id numbers in column 'id'. It works 
fine, check it ->

matrix(matrix(unlist(lapply(df[,(-(1))],function(x) 
tapply(x,df$id,tabulate,nbins=nlevels(factor(df[,2])))) 
[[1]])),ncol=3,nrow=3,byrow=TRUE)
matrix(matrix(unlist(lapply(df[,(-(1))],function(x) 
tapply(x,df$id,tabulate,nbins=nlevels(factor(df[,3])))) 
[[2]])),ncol=3,nrow=3,byrow=TRUE)
matrix(matrix(unlist(lapply(df[,(-(1))],function(x) 
tapply(x,df$id,tabulate,nbins=nlevels(factor(df[,4])))) 
[[3]])),ncol=3,nrow=3,byrow=TRUE)
matrix(matrix(unlist(lapply(df[,(-(1))],function(x) 
tapply(x,df$id,tabulate,nbins=nlevels(factor(df[,5])))) 
[[4]])),ncol=3,nrow=3,byrow=TRUE)
matrix(matrix(unlist(lapply(df[,(-(1))],function(x) 
tapply(x,df$id,tabulate,nbins=nlevels(factor(df[,6])))) 
[[5]])),ncol=4,nrow=3,byrow=TRUE)

Now my problem is: what if my data frame contains NA values here and there and 
what if I want my in-built tabulate function to collect these NAs as well? So 
what if I want it to count how many occurrences I have from these NAs?

Here's my modified data frame with the NAs:
id <-c(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3)
a <-c(NA,1,3,3,1,3,3,3,3,1,3,2,1,2,1,3,3,2,1,1,1,3,1,3,3,3,2,1,1,3)
b <-c(3,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,1,3,2,1,1,1,2,1,3,1,2,2,1,3,3,2,3,2)
c <-c(1,3,2,3,2,1,2,3,3,2,2,3,NA,2,3,3,3,1,1,2,3,3,1,2,2,3,2,2,3,2)
d <-c(3,3,3,1,3,2,2,1,2,3,2,2,2,1,3,1,2,2,3,2,3,2,3,2,1,1,1,1,1,2)
e <-c(2,3,1,2,1,2,3,3,1,1,2,1,1,3,3,2,1,1,3,3,2,2,3,3,3,2,3,NA,1,4)
df <-data.frame(id,a,b,c,d,e)
df

At first I tried something like this (you see, the only thing I did was that I 
tried to apply this "exclude=NULL" thing).
unlist(lapply(df[,(-(1))],function(x) 
tapply(x,df$id,tabulate,nbins=nlevels(factor(df[,2],exclude=NULL)))) [[1]])

At least my code realizes the fact that I have 4 different levels in column 'a' 
(1,2,3,NA) and not only three (1,2,3). Check it here:
nlevels(factor(df[,2],exclude=NULL))

But you see in the result that somehow it could not calculate the NAs. It says
3  0  6  0(!)  4  3  3  0  4  1  5  0

Instead of the correct:
3  0  6  1(!)  4  3  3  0  4  1  5  0

Or in case of:
unlist(lapply(df[,(-(1))],function(x) 
tapply(x,df$id,tabulate,nbins=nlevels(factor(df[,4],exclude=NULL)))) [[3]])

It says
2  4  4  0  2  3  4  0(!)  1  5  4  0

Instead of the correct
2  4  4  0  2  3  4  1(!)  1  5  4  0
etc.

Does someone have any ideas how to "persuade" the function tabulate to count 
NAs? Is it possible at all?
Thanks very much and have a pleasant weekend,
Laszlo

____________________________________________________________________________________________________
Ez az e-mail és az összes hozzá tartozó csatolt melléklet titkos és/vagy 
jogilag, szakmailag vagy más módon védett információt tartalmazhat. 
Amennyiben nem Ön a levél címzettje akkor a levél tartalmának közlése, 
reprodukálása, másolása, vagy egyéb más úton történő terjesztése, 
felhasználása szigorúan tilos. Amennyiben tévedésből kapta meg ezt az 
üzenetet kérjük azonnal értesítse az üzenet küldőjét. Az Erste Bank 
Hungary Zrt. (EBH) nem vállal felelősséget az információ teljes és pontos 
- címzett(ek)hez történő - eljuttatásáért, valamint semmilyen 
késésért, kapcsolat megszakadásból eredő hibáért, vagy az információ 
felhasználásából vagy annak megbízhatatlanságából eredő kárért.

Az üzenetek EBH-n kívüli küldője vagy címzettje tudomásul veszi és 
hozzájárul, hogy az üzenetekhez más banki alkalmazott is hozzáférhet az 
EBH folytonos munkamenetének biztosítása érdekében.


This e-mail and any attached files are confidential and/...{{dropped:19}}


______________________________________________
R-help@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.