Dear Prof. John,
I'm trying to solve the following model in R, but I getting error about
the degree of freedom. As I don't have much experience, could you please
explain to me what is the problem? I'm studying the influence of several
soil parameters (pH, NH4, OM, Moisture) on the abundance of some
microbial groups (Nitrosotalea, Nitrosos_Cl1, Nitrosos_Cl3, Nitrosos_Cl4
e Nitrosos_Cl7), and on enzyme activity (PNA).
Thanks in advance,
Best regards
Michele
mod.pnr1 <- specifyModel()
PD_AOA -> PNA, B1, NA
Nitrosotalea -> PNA, B2, NA
Nitrosos_Cl1 -> PNA, B3, NA
Nitrosos_Cl3 -> PNA, B4, NA
Nitrosos_Cl4 -> PNA, B5, NA
Nitrosos_Cl7 -> PNA, B6, NA
pH -> PNA, B9, NA
NH4 -> PNA, B10, NA
OM -> PNA, B11, NA
Moisture -> PNA, B12, NA
pH -> PD_AOA, B18, NA
NH4 -> PD_AOA, B19, NA
OM -> PD_AOA, B20, NA
Moisture -> PD_AOA, B21, NA
pH -> Nitrosotalea, B22, NA
NH4 -> Nitrosotalea, B23, NA
OM -> Nitrosotalea, B24, NA
Moisture -> Nitrosotalea, B25, NA
pH -> Nitrosos_Cl1, B26, NA
NH4 -> Nitrosos_Cl1, B27, NA
OM -> Nitrosos_Cl1, B28, NA
Moisture -> Nitrosos_Cl1, B29, NA
pH -> Nitrosos_Cl3, B30, NA
NH4 -> Nitrosos_Cl3, B31, NA
OM -> Nitrosos_Cl3, B32, NA
Moisture -> Nitrosos_Cl3, B33, NA
pH -> Nitrosos_Cl4, B34, NA
NH4 -> Nitrosos_Cl4, B35, NA
OM -> Nitrosos_Cl4, B36, NA
Moisture -> Nitrosos_Cl4, B37, NA
pH -> Nitrosos_Cl7, B38, NA
NH4 -> Nitrosos_Cl7, B39, NA
OM -> Nitrosos_Cl7, B40, NA
Moisture -> Nitrosos_Cl7, B41, NA
Nitrosotalea -> Nitrosos_Cl1, B53, NA
Nitrosotalea -> Nitrosos_Cl3, B54, NA
Nitrosotalea -> Nitrosos_Cl4, B55, NA
Nitrosotalea -> Nitrosos_Cl7, B56, NA
Nitrosos_Cl1 -> Nitrosotalea, B57, NA
Nitrosos_Cl1 -> Nitrosos_Cl3, B58, NA
Nitrosos_Cl1 -> Nitrosos_Cl4, B59, NA
Nitrosos_Cl1 -> Nitrosos_Cl7, B60, NA
Nitrosos_Cl3 -> Nitrosotalea, B61, NA
Nitrosos_Cl3 -> Nitrosos_Cl1, B62, NA
Nitrosos_Cl3 -> Nitrosos_Cl4, B63, NA
Nitrosos_Cl3 -> Nitrosos_Cl7, B64, NA
Nitrosos_Cl4 -> Nitrosotalea, B65, NA
Nitrosos_Cl4 -> Nitrosos_Cl1, B66, NA
Nitrosos_Cl4 -> Nitrosos_Cl3, B67, NA
Nitrosos_Cl4 -> Nitrosos_Cl7, B68, NA
Nitrosos_Cl7 -> Nitrosotalea, B69, NA
Nitrosos_Cl7 -> Nitrosos_Cl1, B70, NA
Nitrosos_Cl7 -> Nitrosos_Cl4, B71, NA
Nitrosos_Cl7 -> Nitrosos_Cl3, B72, NA
pH -> NH4, B42, NA
pH -> OM, B43, NA
NH4 -> OM, B45, NA
NH4 -> pH, B46, NA
OM -> NH4, B47, NA
OM -> Moisture, B48, NA
OM -> pH, B52, NA
Moisture -> OM, B70, NA
PNA <-> PNA, e12, NA
PD_AOA <-> PD_AOA, NA, 1
Nitrosotalea <-> Nitrosotalea, e5, NA
Nitrosos_Cl1 <-> Nitrosos_Cl1, e6, NA
Nitrosos_Cl3 <-> Nitrosos_Cl3, e7, NA
Nitrosos_Cl4 <-> Nitrosos_Cl4, e8, NA
Nitrosos_Cl7 <-> Nitrosos_Cl7, e9, NA
NH4 <-> NH4, e6, NA
OM <-> OM, e5, NA
Moisture <-> Moisture, e7, NA
pH <-> pH, NA, 1
--
Dra. Michele de C�ssia Pereira e Silva
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ)/ USP
Departamento de Ci�ncia do Solo e Nutri��o de Plantas
Laborat�rio de Microbiologia do Solo
Av P�dua Dias, 11 CP 09 CEP-13400-970
Piracicaba - S�o Paulo
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