I am interested in plotting a matrix of data using heatmap to reflect frequency
of positional occurrence of certain strings. I am not interested in clustering
them. I also want to make a key for the colors.Can someone help me with that.
I am appending a portion of my data here.
Thanks ../Murli
data<-dput(unique.data[1:20,1:20])
structure(list(A1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A2 = c(0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), A3 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A4 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A5 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), A6 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A7 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
A8 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A9 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L),
A10 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A11 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), A12 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A13 = c(0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L), A14 = c(0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A15 = c(0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L), A16 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), A17 = c(0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), A18 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A19 = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L), A20 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("A1",
"A2", "A3", "A4", "A5", "A6", "A7", "A8", "A9", "A10", "A11",
"A12", "A13", "A14", "A15", "A16", "A17", "A18", "A19", "A20"
), row.names = c("gggggg", "gttagg", "gggtgg", "ggtagg", "aggtag",
"ggggtg", "gtttag", "ggttag", "gggggt", "agttag", "tttagg", "aggggg",
"tggggg", "ggtggg", "gtaggt", "aggttt", "taggtt", "agtttg", "agttcg",
"taggta"), class = "data.frame")
heatmap(as.matrix(data))
______________________________________________
R-help@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
