Hi Sarah, Thanks for your reply. I've solved the problem (or at least gotten around it). Dy is a Bray-Curtis dissimilarity matrix and Dx a euclidean matrix representing an environmental gradient. I was running MRM as: MRM(Dy~exp(Dx)). If I run MRM(log(Dy)~Dx) I don't get the error message. Should have thought about it before. I have provided the information you asked for below in case this is something you might want to check (I'd be interested in hearing back if you do). Thanks for your good disposition to help!
R v.2.11.1 ecodist v.1.2.2 OS MacOSX v.10.6.6 summary(as.vector(Dx)): Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. 0.00 3.00 21.00 34.61 69.00 100.00 summary(as.vector(Dy)): Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. 0.04222 0.11010 0.13800 0.14760 0.17480 0.33970 >X<-rep(c(100,31,3,10,1,0),c(4,4,4,4,4,4)) >Dx<-vegdist(X,"euclidean") >as.numeric(Dy) [1] 0.06700782 0.08376230 0.09909706 0.12461558 0.14438454 0.06081251 [7] 0.07148765 0.12363789 0.11589077 0.17594412 0.23683629 0.20668179 [13] 0.13095731 0.16297324 0.13696261 0.14601568 0.20881977 0.14832791 [19] 0.17773578 0.17901283 0.25579823 0.33966925 0.19422022 0.08303545 [25] 0.07909383 0.14990078 0.15595243 0.09204931 0.08683072 0.11779759 [31] 0.12444775 0.16406134 0.25084616 0.22665500 0.15704370 0.16780219 [37] 0.14767869 0.14192482 0.22739584 0.15541371 0.13306881 0.17721980 [43] 0.26714896 0.28449197 0.20127940 0.08083726 0.10962154 0.11345836 [49] 0.07954765 0.06127723 0.14011358 0.12030707 0.14353869 0.20578010 [55] 0.18541670 0.13782273 0.11022268 0.11764977 0.14781207 0.18777078 [61] 0.11485322 0.14577802 0.15492318 0.22155020 0.31315450 0.15588707 [67] 0.14414003 0.14247672 0.10155890 0.08317417 0.14763451 0.14792530 [73] 0.14875964 0.20888002 0.17465407 0.13602950 0.13308165 0.12874080 [79] 0.15034760 0.18140344 0.10823317 0.11705517 0.16173102 0.21262619 [85] 0.27832472 0.15928755 0.06876770 0.13076783 0.09455192 0.17209052 [91] 0.14840100 0.12422850 0.19023886 0.16950682 0.18101891 0.15449655 [97] 0.15209334 0.16504904 0.19194634 0.13262124 0.16472254 0.17541841 [103] 0.23131761 0.31423360 0.14329032 0.11754625 0.09363360 0.18596449 [109] 0.14963883 0.14267731 0.19752469 0.18053717 0.16634437 0.14120062 [115] 0.14349948 0.17639152 0.19656690 0.14510724 0.16015122 0.17586870 [121] 0.22992404 0.26821391 0.14866853 0.06778119 0.10217397 0.08147583 [127] 0.13426895 0.17988601 0.17827445 0.08544477 0.12235510 0.10401747 [133] 0.10498380 0.18320970 0.11387430 0.14546688 0.14947183 0.19424262 [139] 0.30280431 0.14408871 0.12761382 0.11501332 0.11369858 0.18716134 [145] 0.16889755 0.12830243 0.12314921 0.10082947 0.12568844 0.16733396 [151] 0.09694770 0.11431960 0.14356895 0.21846974 0.30084684 0.13508708 [157] 0.04222194 0.09948040 0.21147397 0.17194458 0.12665215 0.13520422 [163] 0.13895700 0.08458339 0.19295051 0.14138126 0.13299794 0.14416027 [169] 0.23637788 0.29302635 0.17505158 0.07860891 0.19118050 0.15639354 [175] 0.11852640 0.11506420 0.12073787 0.07966940 0.18364503 0.13145598 [181] 0.14392055 0.15298438 0.21619575 0.29808153 0.15443375 0.11906375 [187] 0.12847290 0.12501444 0.10072444 0.10618654 0.06222056 0.14916935 [193] 0.08697711 0.10846572 0.14039835 0.16833996 0.28827410 0.09394061 [199] 0.12784852 0.13242015 0.11873356 0.12215396 0.14279656 0.11375601 [205] 0.12055113 0.13534332 0.12662213 0.07651950 0.26956270 0.07759475 [211] 0.14816469 0.09668246 0.12734489 0.12874116 0.07493926 0.11475184 [217] 0.13662820 0.09040167 0.11918906 0.25222106 0.09877668 0.11503860 [223] 0.09299715 0.09932252 0.15445820 0.09835570 0.13162197 0.12087659 [229] 0.15259950 0.30820412 0.12573894 0.05650551 0.09907881 0.12120693 [235] 0.08287615 0.10787729 0.07209802 0.14482351 0.26734141 0.08675368 [241] 0.10114104 0.12447440 0.07961229 0.08423764 0.08955118 0.16254741 [247] 0.28158102 0.08205883 0.13811524 0.07944738 0.12494488 0.12517100 [253] 0.16335532 0.28385888 0.11370302 0.10488326 0.11913666 0.10728133 [259] 0.10919732 0.22440659 0.11069469 0.07939423 0.09213015 0.12276458 [265] 0.27271430 0.06930216 0.07808054 0.15932098 0.22047097 0.10176994 [271] 0.12213696 0.23325491 0.09323771 0.22493665 0.08676381 0.25084021 >MRM(Dy~exp(Dx)) Error in solve.default(XX) : system is computationally singular: reciprocal condition number = 1.88323e-86 -- View this message in context: http://r-sig-ecology.471788.n2.nabble.com/ecodist-MRM-error-message-tp6170910p6173425.html Sent from the r-sig-ecology mailing list archive at Nabble.com. _______________________________________________ R-sig-ecology mailing list R-sig-ecology@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-ecology
