Hi,
I recently stumbled over HELM as a way to describe bio-macromolecules, and was
very pleased to see that rdkit offers some kind of support with the MolToHELM
und MolFromHELM functions, at least for proteins.
However, playing around with these functions, I noticed a few limitations/bugs:
1) the Cterm cap of peptides is not recognized, e.g. when I have a capped
Alanine (the famous alanine dipeptide), MolToHELM only recognizes the N-Term
cap, see the following code snippet
from rdkit import Chem
rdmol = Chem.MolFromSmiles('CNC(=O)[C@H](C)NC(C)=O')
helm = Chem.MolToHELM(rdmol)
print(helm)
>>PEPTIDE1{[ac].A}$$$$
So the acetyl is there, the N-Me-amine is missing.
2) when I import an acetylated Lysine, this acetyl is not recognized, but
instead the HELM string shows a regular Lysine as K.
So my questions:
a) is anybody working on that part of rdkit right now so that there is a
chance to see bugfixes as well as more functionality in the future? e.g.
plotting capabilities, monomer registration, interface to the HELM toolkit?
b) can you point me where the definitions of the monomers are that rdkit
recognizes so far? So obviously it knows about the natural aminoacids (D and
L), acetyl group, but what else?
c) any other suggestion for a python module that can handle modified or
non-natural amino acids, cyclic/branched peptides, or peptides with
small-molecule attached?
Best,
Th.
Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
Dr. Thomas Fox
Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG
Medicinal Chemistry
Tel.: +49 (7351) 54-7585
Fax: +49 (7351) 83-7585
mailto:thomas....@boehringer-ingelheim.com
Pflichtangaben finden Sie unter:
https://www.boehringer-ingelheim.de/unser-unternehmen/gesellschaften-in-deutschland
Mandatory information can be found at:
https://www.boehringer-ingelheim.de/unser-unternehmen/gesellschaften-in-deutschland
Datenschutzhinweis: Für bereits bestehende und neue Geschäftsbeziehungen nutzen
wir personenbezogene Daten und werden diese für die Dauer unserer
Geschäftsbeziehung aufbewahren. Während unserer Geschäftsbeziehung erheben wir
unter Umständen Kontaktdaten, Daten zur Berufsqualifikation (Publikationen
etc.). Einige Daten werden aus öffentlichen Quellen und Internetseiten bezogen.
Rechtsgrundlage: Artikel 6 (1) b) und f) EU DS-GVO. Klicken Sie
hier<https://www.boehringer-ingelheim.com/locations/europe>, um weitere
Informationen auf der lokalen Unternehmensinternetseite des betreffenden Landes
über Datenschutz bei Boehringer Ingelheim und zu Ihren Rechten zu erhalten.
Bitte beachten Sie, dass zusätzliche Datenschutzhinweise gelten können und alle
diese Datenschutzhinweise von Zeit zu Zeit aktualisiert werden können.
Privacy Notice: We use personal data for current and future business
collaborations, and will retain such data for the duration of our business
relationship. During the course of our business relationship we may collect
contact data, data about professional qualifications (publications etc.). Some
of the data is sourced from public sources and websites. Legal basis: Article 6
(1) b) and f) EU GDPR. Click
here<https://www.boehringer-ingelheim.com/locations/europe> for more
information on the local company website of the respective country about data
protection at Boehringer Ingelheim and your rights. Please note that additional
privacy notices may apply and that all these privacy notices might be updated
from time to time.
Diese E-Mail ist vertraulich zu behandeln. Sie kann besonderem rechtlichem
Schutz unterliegen. Wenn Sie nicht der richtige Adressat sind, senden Sie bitte
diese E-Mail an den Absender zurück, löschen die eingegangene E-Mail und geben
den Inhalt der E-Mail nicht weiter. Jegliche unbefugte Bearbeitung, Nutzung,
Vervielfältigung oder Verbreitung ist verboten. / This e-mail is confidential
and may also be legally privileged. If you are not the intended recipient
please reply to sender, delete the e-mail and do not disclose its contents to
any person. Any unauthorized review, use, disclosure, copying or distribution
is strictly prohibited.
_______________________________________________
Rdkit-discuss mailing list
Rdkit-discuss@lists.sourceforge.net
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/rdkit-discuss
