Dear Thomas, That sounds very much like a bug. I’ll have a look and see what’s going wrong there; I’ll be in touch soon.
Cheers, p. > On 26 Sep 2019, at 18:13, <thomas....@boehringer-ingelheim.com> > <thomas....@boehringer-ingelheim.com> wrote: > > Hi, > > I came across a weird behavior of Chem.SetDihedralDeg: > > In the attached python script I try to generate conformations by rotating > around the central bond of NCCO. When I call Chem.SetDihedralDeg with a > torsion value of 0, a very weird and distorted structure is produced, > however, when I set the torsion value any other value (even a value of 0.0001 > works), the resulting conformations are ok. > > I have attached my python script, the input sd file (input.sdf) and the > output sd file for torsion 0.0 (bug.sdf) and for the torsion 0.00001 (ok.sdf) > > Is this intended behavior and I miss sth obvious? > > Best, > Th. > > Mit freundlichen Grüßen / Kind regards, > Dr. Thomas Fox > > Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG > Medicinal Chemistry > Tel.: +49 (7351) 54-7585 > Fax: +49 (7351) 83-7585 > mailto:thomas....@boehringer-ingelheim.com > Pflichtangaben finden Sie unter: > https://www.boehringer-ingelheim.de/unser-unternehmen/gesellschaften-in-deutschland > > Mandatory information can be found at: > https://www.boehringer-ingelheim.de/unser-unternehmen/gesellschaften-in-deutschland > > Datenschutzhinweis: Für bereits bestehende und neue Geschäftsbeziehungen > nutzen wir personenbezogene Daten und werden diese für die Dauer unserer > Geschäftsbeziehung aufbewahren. Während unserer Geschäftsbeziehung erheben > wir unter Umständen Kontaktdaten, Daten zur Berufsqualifikation > (Publikationen etc.). Einige Daten werden aus öffentlichen Quellen und > Internetseiten bezogen. Rechtsgrundlage: Artikel 6 (1) b) und f) EU DS-GVO. > Klicken Sie hier, um weitere Informationen auf der lokalen > Unternehmensinternetseite des betreffenden Landes über Datenschutz bei > Boehringer Ingelheim und zu Ihren Rechten zu erhalten. Bitte beachten Sie, > dass zusätzliche Datenschutzhinweise gelten können und alle diese > Datenschutzhinweise von Zeit zu Zeit aktualisiert werden können. > Privacy Notice: We use personal data for current and future business > collaborations, and will retain such data for the duration of our business > relationship. During the course of our business relationship we may collect > contact data, data about professional qualifications (publications etc.). > Some of the data is sourced from public sources and websites. Legal basis: > Article 6 (1) b) and f) EU GDPR. Click here for more information on the local > company website of the respective country about data protection at Boehringer > Ingelheim and your rights. Please note that additional privacy notices may > apply and that all these privacy notices might be updated from time to time. > Diese E-Mail ist vertraulich zu behandeln. Sie kann besonderem rechtlichem > Schutz unterliegen. Wenn Sie nicht der richtige Adressat sind, senden Sie > bitte diese E-Mail an den Absender zurück, löschen die eingegangene E-Mail > und geben den Inhalt der E-Mail nicht weiter. Jegliche unbefugte Bearbeitung, > Nutzung, Vervielfältigung oder Verbreitung ist verboten. / This e-mail is > confidential and may also be legally privileged. If you are not the intended > recipient please reply to sender, delete the e-mail and do not disclose its > contents to any person. Any unauthorized review, use, disclosure, copying or > distribution is strictly prohibited. > > <dihed_bug.py> > <bug.sdf> > <input.sdf> > <ok.sdf> > _______________________________________________ > Rdkit-discuss mailing list > Rdkit-discuss@lists.sourceforge.net > https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/rdkit-discuss
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