Ajudou muito, não conhecia o Entrez.
Obrigado.
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Date: Thu, 6 Nov 2014 08:27:54 -0200
Subject: Re: [Rio-pm] [HELP] Download
Oi Aureliano,
Não sei se você já ouviu falar do NCBI Entrez Direct ou se já o utilizou
alguma vez,
ams nesse caso acredito que ele possa ser mais útil. O Entrez Direct é um
conjunto de
scripts bash e Perl que o NCBI forneceu para que quisesse realizar
algum tipo de acesso mais "avançado" aos seus bancos de dados, e
de forma programática.
veja aqui mais informações sobre o
Entrez Direct: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/
Bom, vamos ao seu problema agora; O que você está querendo fazer é
baixar pelo terminal uma sequencia do banco de nucleotídeos certo?
De acordo com a documentação do Entrez Direct você vai precisar
usar o seguinte comando:
./esearch -db nucleotide -query "AL123456 [ACN]" | ./efetch
-format fasta
O eDirect funciona encadeando os scripts, nesse caso eu estou
usando 2 deles, o esearch para a busca e o efetch para o download.
Você pode ver na página do livro (o link que passei acima) todos
os parâmetros que existem, da pra fazer muita coisa com esses
scripts deles.
Então, para salvar em um arquivo a sequencia do genoma basta
direcionar o comando acima:
./esearch -db nucleotide -query "AL123456 [ACN]" | ./efetch
-format fasta > genome.fa
e pronto, seu genoma foi baixado e salvo.
Espero que dessa forma você consiga contornar o problema que lhe
impedia de usar o wget ou o ftp para o download.
abraços
On 05-11-2014 23:57, Aureliano Guedes
wrote:
Ola Monges,
tenho uma dúvida que talvez seja um pouco específica,
provavelmente voltada para bioinformatas.
Bom precisava fazer o download desse arquivo
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AL123456.3?report=fasta&log$=seqview).
Só que não posso fazer de qualquer forma, precisava que fosse um
script executando o wget ou ftp.
O problema é fazer o download através do wget que estou com
dificuldade.
Seria basicamente um 'system 'wget .....'' só não estou sabendo
como fazer.
Alguém aqui poderia me ajudar com o wget?
No final, só preciso gerar um arquivo no formato fasta.
Ex:
>gi|444893469|emb|AL123456.3| Mycobacterium tuberculosis
H37Rv complete genome
TTGACCGATGACCCCGGTTCAGGCTTCACCACAGTGTGGAACGCGGTCGTCTCCGAACTTAACGGCGACC
CTAAGGTTGACGACGGACCCAGCAGTGATGCTAATCTCAGCGCTCCGCTGACCCCTCAGCAAAGGGCTTG
GCTCAATCTCGTCCAGCCATTGACCATCGTCGAGGGGTTTGCTCTGTTATCCGTGCCGAGCAGCTTTGTC
CAAAACGAAATCGAGCGCCATCTGCGGGCCCCGATTACCGACGCTCTCAGCCGCCGACTCGGACATCAGA
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