Embora não acho que isso ajude no quesito velocidade, there's a module for that!
https://metacpan.org/pod/Tie::RegexpHash 2016-04-13 5:30 GMT-03:00 Stanislaw Pusep <[email protected]>: > Aureliano, o Perl não é suficientemente inteligente para interpretar > expressão regular como chave do hash :) > Pelo que entendi, vc quer algo assim: > > my %codon = ( > (map { "CG".$_ => "A" } qw(A C T G)), > (map { "TT".$_ => "F" } qw(C T)), > (map { "TT".$_ => "L" } qw(A G)), > (map { "CU".$_ => "L" } qw(A C T G)), > ); > > 2016-04-13 2:24 GMT+02:00 Aureliano Guedes <[email protected]>: > >> Ola monges, >> >> Eu tenho uma dúvida, caso possam me ajudar. >> Eu tenho varias códigos que acessam o mesmo valor (no caso que uso são >> vários códons que traduzem o mesmo aminoácido). >> >> Exemplo: >> Aminoacido -> Códons >> >> Sendo os aminoácidos representados por 20 letras diferentes mais o X >> (stop códon). >> E os codons, combinações de 3 nucleotídeos, sendo um total de 4 >> nucleotídeos (A, T, C e G), logo temos 64 combinações de 3 nucleotídeos >> (64 codons possíveis). >> Por isso um mesmo aminoácido pode ser codificado por mais de um códon. >> No caso do aminoácido Alanina (Ala || A) é códificado pelos códons GCA, >> GCC, GCT ou GCU. Observe que os dois primeiros nucleotídeos são C e G, >> respectivamente, e o terceiro pode ser ocupado por qualquer um dos 4 >> nucleotídeo possíveis. >> Dessa forma: >> >> - A -> CGA ou CGC ou CGT ou CGG >> >> Outros: >> >> - F -> TTC || TTT >> - L -> TTA || TTG || CTA || CTG || CTC || CTT >> >> >> Bom, meu objetivo é simplesmente criar um hash, como esse: >> >> - my %aa = ( "UUU" => "F", "UUC" => "F", "UUA" => "L", "UUG" => "L", >> "UCU" => "S", "UCC" => "S", "UCA" => "S", "UCG" => "S", "UAU" => "Y", >> "UAC" >> => "Y", "UAA" => "X", "UAG" => "X", "UGU" => "C", "UGC" => "C", "UGA" >> => "X", "UGG" => "W", "CUU" => "L", "CUC" => "L", "CUA" => "L", "CUG" >> => "L", "CCU" => "P", "CCC" => "P", "CCA" => "P", "CCG" => "P", "CAU" >> => "H", "CAC" => "H", "CAA" => "Q", "CAG" => "Q", "CGU" => "R", "CGC" >> => "R", "CGA" => "R", "CGG" => "R", "AUU" => "I", "AUC" => "I", "AUA" >> => "I", "AUG" => "M", "ACU" => "T", "ACC" => "T", "ACA" => "T", "ACG" >> => "T", "AAU" => "N", "AAC" => "N", "AAA" => "K", "AAG" => "K", "AGU" >> => "S", "AGC" => "S", "AGA" => "R", "AGG" => "R", "GUU" => "V", "GUC" >> => "V", "GUA" => "V", "GUG" => "V", "GCU" => "A", "GCC" => "A", "GCA" >> => "A", "GCG" => "A", "GAU" => "D", "GAC" => "D", "GAA" => "E", "GAG" >> => "E", "GGU" => "G", "GGC" => "G", "GGA" => "G", "GGG" => "G",); >> >> >> Contudo pensei em tomar outra abordagem, informar pra chave quem ela pode >> ser. Não sei se é possível, mas eu comecei tentando algo como: >> >> - my %codon = ( "CG"./[ACTG]/ => "A", "TT"./[CT]/ => "F", >> ("TT"./[AG]/||"CU"./[ACTG]/) => "L",); >> >> Mas não funcionou. >> >> Pensei em pegar uma abordagem mais IUPAC, onde: >> >> - Y = C ou T >> - R = A ou G >> - N = A, C, G ou T >> >> *tem outros, mas por enquanto apenas estou vendo a possibilidade. >> Então fiz: >> >> - my $Y = /[CT]/; >> - my $R = /[AG]/; >> - my $N = /[ACTG]/; >> - >> - my %codon = ( "CG".$N => "A", "TT".$Y => "F", ("TT".$R||"CU".$N) => >> "L",); >> >> Mas não funcionou. >> >> >> _______________________________________________ >> Rio-pm mailing list >> [email protected] >> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm >> > > > _______________________________________________ > Rio-pm mailing list > [email protected] > http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm > -- YAGNI, Renato CRON http://www.renatocron.com/blog/ @renato_cron <http://twitter.com/#!/renato_cron>
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