Então, esses no caso to pegando do NCBI. Muita gente vai dizer que tem e-utilities, BioPerl, mas convenhamos que epost, efetch não são muito eficientes para dataset largos, um curl e furl ja baixam mais rápido. BioPerl é dispensável pra pra um simples get.
E ja baixei o que precisava, inclusive eu tinha outro script pra essa tarefa, so que agora to usando muitos datasets todos na faixa dos 2-3 milhoes de entradas cada. ________________________________ From: Rio-pm <rio-pm-bounces+guedes_1000=hotmail....@pm.org> on behalf of Felipe Leprevost <leprevos...@gmail.com> Sent: Wednesday, May 24, 2017 7:53:48 PM To: Perl Mongers Rio de Janeiro Subject: Re: [Rio-pm] Metodos de Download em Massa Apenas como curiosidade Aureliano, de onde você está tentando obter os arquivos ? On Wed, May 24, 2017 at 3:21 PM Felipe da Veiga Leprevost <fel...@leprevost.com.br<mailto:fel...@leprevost.com.br>> wrote: Apenas como curiosidade Aureliano, de onde você está tentando obter os arquivos ? On Wed, May 24, 2017 at 3:19 PM Aureliano Guedes <guedes_1...@hotmail.com<mailto:guedes_1...@hotmail.com>> wrote: Opa, Yada achei muito complicado pra pouca coisa que vou fazer. Mas to convencido a tentar. Breno, o truncado é por causa que estou fazendo varios downloads com o Parallel::ForkManager de um arquivo no formato texto, onde cada identificador é um dado do arquivo, como eu trabalho com milhoes desses identificadores e o servidor recomenda se limitar a 500 por requisição acaba que tenho que fazer varios downloads. So que to imprimindo tudo em STDOUT e redirecionando a saida pra um aarquivo estilo UNIX mesmo > , então tem varios processo tenetando escrever na tela ao mesmo tempo, eu pensei em fazer um lock mas acho q isso vai fazer demorar. Exatamente aqui é o problema, IPC::ShareTable ou algo assim deve resolver. Alguma sujestão de solução ? my $pm = new Parallel::ForkManager($req); while(my $id = <$IN>){ $cnt++; chomp $id; if ($cnt == $split || $. == $nl){ #$split = 500; push @ids, $id; my @tmp = @ids; undef @ids; $cnt = 0; $pm->start and next; # do the fork my @resp = get_fasta(\@tmp, $db, $timeout); if ($resp[0]){ $resp[1] =~ s/^\s*\n+//mg; print STDOUT $resp[1]; } else{ print STDERR "Status: $resp[2]\n$resp[3]\nDetails: $resp[1]\n"; print STDERR join (" ", "Fail:", @tmp, "\n"); } $pm->finish; #tihs is a fork, at the end (here) the memory will be released } else{ push @ids, $id; } } $pm->wait_all_children; ________________________________ From: Rio-pm <rio-pm-bounces+guedes_1000=hotmail....@pm.org<mailto:hotmail....@pm.org>> on behalf of breno <oainikus...@gmail.com<mailto:oainikus...@gmail.com>> Sent: Wednesday, May 24, 2017 3:54:47 AM To: Perl Mongers Rio de Janeiro Subject: Re: [Rio-pm] Metodos de Download em Massa Oi Aureliano, se você está interessado em benchmarks, pode experimentar o LWP::Curl em vez do Furl, ou se tiver paciência pra ir direto ao metal, Net::Curl ou WWW::Curl. O que quer dizer com "truncado"? Se a conexão cai depois de X bytes baixados (e se vc consegue garantir que o arquivo parcial contém apenas dados válidos), vc pode baixar só o que falta e depois juntar os dois pedaços na mão. Por exemplo, se o arquivo parcial foi baixado em "parcial.tmp": ---------8<--------- my $ua = Furl->new; my $res = $ua->get( 'http://exemplo.com/arquivo.tmp', Range => 'byes=' . -s 'parcial.tmp' . '-'); open my $ fh, '>>', 'parcial.tmp; print $fh, $res->content; close $fh; ---------8<--------- (código não testado, estou no celular) Se o servidor suporta conteúdo parcial (ele responde o primeiro request com Accept-Ranges), isso deve baixar o resto do arquivo. Idealmente, em vez de sobrescever o arquivo parcial, vc junta o conteúdo dos dois em um terceiro arquivo. Finalmente, se quiser baixar vários pedaços do arquivo em paralelo, pode experimentar o HTTP::Range e o LWP::Parallel::UserAgent, ou se inspirar neles e implementar sua própria solução paralela com Furl ou LWP::Curl. []s -b On 23:26, Tue, 23 May 2017 Aureliano Guedes, <guedes_1...@hotmail.com<mailto:guedes_1...@hotmail.com>> wrote: Ola Monges, Gostaria de saber qual metodo vocês mais gostam para fazer downloads em massa. Eu usava muito LWP, recentemente comecei usar uma combinação de Parallel::ForkManager e Furl, mas pra meu tipo de dado tem truncado parte dos download. (vale uma dica pra lidar com dados truncados?) No meu caso, eu to fazendo download de mais me milhoes de sequencias, pra isso eu sigo a regra do servidor e peço apenas 500 por vez e limito em 10 fork. Tem outros metodos que posso usar mas acabo perdendo e muito a eficiência. Por isso pretendo testar um benchmark em varias formas diferentes. Bom, sei que existem ferramentas, BioPerl, etc... Abraços, acpguedes _______________________________________________ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org<mailto:Rio-pm@pm.org> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm _______________________________________________ Rio-pm mailing list Rio-pm@pm.org<mailto:Rio-pm@pm.org> http://mail.pm.org/mailman/listinfo/rio-pm -- Felipe da Veiga Leprevost, Ph.D. www.leprevost.com.br Proteome Bioinformatics Lab University of Michigan -- Felipe da Veiga Leprevost, Ph.D. www.leprevost.com.br Proteome Bioinformatics Lab University of Michigan
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