Ограничение на IN - 1500 элементов. Но можно обойти (реально использую на Ya):
WHERE ( File_Id IN(1500 элементов) OR
File_Id IN(еще 1500 элементов) OR
File_Id IN( и еще 1500 элементов)
.....
)
и так максимум 64кб на длину запроса.

