уж сколько раз говорено - HT надо выключать. даже тут написали: http://zdnet.ru/?ID=502772
Во первых разве можно выключить HT через терминал? Во вторых ещё не факт что HT имеет к этому отношение. Там по счётчикам во время таких тормозов загрузка процессора близка к нулю, а вот этот самый Avg disk queue length взлетает до потолка.

