Só mais uma dica:
As expressões regulares de Perl são muito práticas, mas em alguns casos
mais simples pode ser eficiente resolver o problema na "força bruta":
for my $i (0 .. length($line) - 1) {
my $char = substr($line,$i,1);
$nucleotides{$char}++;
}
No benchmark que eu fiz, o código acima é quase três vezes mais rápido do
que com expressões regulares -- o que pode ser significativo se você
estiver lidando com vários megabytes de dados.
Aqui está o código do benchmark:
https://gist.github.com/anonymous/2914d6494253eec53f91
(Tem um pequeno bug que deixo como exercício para o leitor :D)
Em 16 de julho de 2013 18:38, Rafael Silveira <[email protected]>escreveu:
> Obrigado pela dica Andre.
> Quem sabe num futuro próximo, quando eu estiver mais "envolvido" com
> bioinformática eu utilizarei essas bibliotecas para trabalho.
> Atualmente estou só estudando mesmo, praticando e tentando melhorar minhas
> habilidades com Perl. =)
>
> []'s
>
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> Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/
> SaoPaulo-pm mailing list: [email protected]
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--
Nelson Ferraz
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