Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
Le 31/03/2020 à 16:46, Guillaume Clercin a écrit : Dans le fichier « /etc/apt/sources.list » sur un ordinateur, j'utilise les dépôts de la stretch, buster, bullseye et sid et je n'ai pas spécialement de difficulté à gérer les conflits. Et il faut bien sûr avoir un fichier /etc/apt/preferences bien configuré. -- François
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
On Tue, 31 Mar 2020 15:25:14 +0200 (CEST) l0f...@tuta.io wrote: > Bonjour, > > 31 mars 2020 à 13:49 de gcler...@intellique.com: > > > J'ai résolu ce problème en modifiant le fichier > > « /etc/apt/source.list », j'ai ajouté le dépôt de la Debian Stretch. > > Ensuite, j'ai fait: > > # aptitude update > > # aptitude install -f > > Et cela a permis d'installer les dépendances manquantes. > > > Ce genre de manips à base de mélange de dépôts qui dépannent bien sur > le moment, rendent le système incohérent/broken non ?Je suppose que > le prix à payer va être plus d'effort par la suite pour garder un > minimum de suivi dans l'évolution des paquets et éventuellement se > dépatouiller de situations tordues qui risquent de se présenter genre > multiples conflits inter-paquets... Quelles sont les actions typiques > que vous mettez en place suite à ce genre de tweaks svp ? Certes, si on multiplie le nombre de dépôts, cela va compliquer le travail apt pour résoudre les conflits. Si on veut une solution temporaire, on peut ensuite désactiver/supprimer le dépôt de son « /etc/apt/sources.list ». Alors, apt considéra les paquets récemment installés comme obsolète ou comme installé localement. Dans le fichier « /etc/apt/sources.list » sur un ordinateur, j'utilise les dépôts de la stretch, buster, bullseye et sid et je n'ai pas spécialement de difficulté à gérer les conflits. > > Bien cordialement, > l0f4r0 > Cordialement, Guillaume pgpwFBXUkCbYG.pgp Description: Signature digitale OpenPGP
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
Bonjour, 31 mars 2020 à 13:49 de gcler...@intellique.com: > J'ai résolu ce problème en modifiant le fichier > « /etc/apt/source.list », j'ai ajouté le dépôt de la Debian Stretch. > Ensuite, j'ai fait: > # aptitude update > # aptitude install -f > Et cela a permis d'installer les dépendances manquantes. > Ce genre de manips à base de mélange de dépôts qui dépannent bien sur le moment, rendent le système incohérent/broken non ?Je suppose que le prix à payer va être plus d'effort par la suite pour garder un minimum de suivi dans l'évolution des paquets et éventuellement se dépatouiller de situations tordues qui risquent de se présenter genre multiples conflits inter-paquets... Quelles sont les actions typiques que vous mettez en place suite à ce genre de tweaks svp ? Bien cordialement, l0f4r0
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
Le 31/03/2020 à 13:49, Guillaume Clercin a écrit : J'ai résolu ce problème en modifiant le fichier « /etc/apt/source.list », j'ai ajouté le dépôt de la Debian Stretch. Ensuite, j'ai fait: # aptitude update # aptitude install -f Et cela a permis d'installer les dépendances manquantes. Merci Guillaume. Ça m'a permis d'installer python-gnome2 qui est absent des dépôts Buster. -- François
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
Bonjour, On Mon, 30 Mar 2020 11:28:56 +0200 François LE GAD wrote: > Le 29/03/2020 à 15:13, S L a écrit : > > Folding at home > > À ce sujet, il faut passer en force pour installer Fahcontrol, à > cause d'un problème de dépendances, ce qui ne l'empêche pas de > fonctionner. Mais comment faire ensuite sous Buster pour faire les > mises à jour sans le désinstaller et le réinstaller à chaque fois ? > Il est considéré comme un paquet cassé. De mon coté, après avoir forcé l'installation du paquet, Fahcontrol ne fonctionnait pas. J'ai résolu ce problème en modifiant le fichier « /etc/apt/source.list », j'ai ajouté le dépôt de la Debian Stretch. Ensuite, j'ai fait: # aptitude update # aptitude install -f Et cela a permis d'installer les dépendances manquantes. > > -- > François > Guillaume pgpFQpA6B6Mt9.pgp Description: Signature digitale OpenPGP
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
Je suis passé par Boinc et le projet Rosetta@home Le Mon, 30 Mar 2020 11:28:56 +0200, François LE GAD a écrit : > Le 29/03/2020 à 15:13, S L a écrit : > > Folding at home > > À ce sujet, il faut passer en force pour installer Fahcontrol, à > cause d'un problème de dépendances, ce qui ne l'empêche pas de > fonctionner. Mais comment faire ensuite sous Buster pour faire les > mises à jour sans le désinstaller et le réinstaller à chaque fois ? > Il est considéré comme un paquet cassé. >
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
Le 29/03/2020 à 15:13, S L a écrit : Folding at home À ce sujet, il faut passer en force pour installer Fahcontrol, à cause d'un problème de dépendances, ce qui ne l'empêche pas de fonctionner. Mais comment faire ensuite sous Buster pour faire les mises à jour sans le désinstaller et le réinstaller à chaque fois ? Il est considéré comme un paquet cassé. -- François
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
hello, > Sur Rosetta les temps de calcul varie de 1H a 24H ( on peut choisir ). mon idée en l'occurrence est de rentabiliser l'énergie passive d'une machine: puisqu'elle est allumée en permanence de toute façon pour des besoins fonctionels, autant lui faire chauffer un peu le CPU. donc pas de problème à ce que ca prenne 24h. cordialement, marc
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
Marc Chantreux, on 2020-03-29 18:57:02 +0200: > hello, > > > En tant que telle, l'utilisation du réseau est bien moindre par > > rapport à un job MPI sur une grappe de calculateurs. J'aurais > > tendance à penser que l'énergie consommée par les transferts est > > négligeable devant celle déployée pour les traitements. > > bon ... 1go toutes les 10h ca me parrait acceptable et je vais te faire > confiance en l'absence d'autres chiffres. > > cordialement, > marc J'ai oublié une précision, ce sont des jobs mono-cœur donc il s'agit plutôt de 1G toute les 10h par cœur de processeur. J'ai arrondi à l'ordre de grandeur pour le job particulier que j'avais sur ma machine à l'instant t. Pour le projet Rosetta, les temps moyens d'exécution sont disponibles dans le tableau « Tâches par application » à la page ci-dessous : https://boinc.bakerlab.org/rosetta/server_status.php On est plutôt autour de sept heures par job en moyenne à l'échelle de ce projet. D'autre projets peuvent avoir des motifs différents (jobs plus courts, moins de données à traiter), mais aucun ne fait usage intensif du réseau ; Boinc ne s'y prête pas. Amicalement, -- Étienne Mollier Fingerprint: 5ab1 4edf 63bb ccff 8b54 2fa9 59da 56fe fff3 882d Et Hip, Hip, Hip, Hourra ! Pour le personnel infirmier ! \o/ signature.asc Description: PGP signature
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
Sur Rosetta les temps de calcul varie de 1H a 24H ( on peut choisir ). Le 29/03/2020 à 18:57, Marc Chantreux a écrit : hello, En tant que telle, l'utilisation du réseau est bien moindre par rapport à un job MPI sur une grappe de calculateurs. J'aurais tendance à penser que l'énergie consommée par les transferts est négligeable devant celle déployée pour les traitements. bon ... 1go toutes les 10h ca me parrait acceptable et je vais te faire confiance en l'absence d'autres chiffres. cordialement, marc
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
hello, > En tant que telle, l'utilisation du réseau est bien moindre par > rapport à un job MPI sur une grappe de calculateurs. J'aurais > tendance à penser que l'énergie consommée par les transferts est > négligeable devant celle déployée pour les traitements. bon ... 1go toutes les 10h ca me parrait acceptable et je vais te faire confiance en l'absence d'autres chiffres. cordialement, marc
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
salut, > Je n'en sais rien mais j'imagine que c'est peu. je l'imagine et je l'espère. > Par ailleurs, en France, l'électricité (y compris celle consommée par les > infrastructures datacenter et telecom et par nos PCs Debian laissés allumés > la nuit) est majoritairement nucléaire, donc elle produit peu de gaz à effet > de serre. mais de l'uranium ... autant te dire que je ne considère pas ça comme un argument :) merci pour ton retour. marc
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
Marc Chantreux, on 2020-03-29 17:57:42 +0200: > salut, > > > Folding at home : la puissance de calcul des ordinateurs mise en > > commun pour lutter contre le coronavirus > > sans vouloir faire mon chieur avec le changement climatique tout ça ... > en terme de traffic réseau ca représente quel volume de données moyen par > jour? Bonjour, Les volumétries sont directement dépendantes des jobs rédigés par les chercheurs. J'ai par exemple un échantillon de job Rosetta à portée de main qui pèse environs 1 Go pour un temps de calcul d'environs 10 heures. Les données de travail sont téléchargées par le client Boinc, traitées sans interactions avec l'extérieur sur la machine, puis téléversées vers le l'ordonnanceur du projet à la fin du traitement. En tant que telle, l'utilisation du réseau est bien moindre par rapport à un job MPI sur une grappe de calculateurs. J'aurais tendance à penser que l'énergie consommée par les transferts est négligeable devant celle déployée pour les traitements. Amicalement, -- Étienne Mollier Fingerprint: 5ab1 4edf 63bb ccff 8b54 2fa9 59da 56fe fff3 882d Et Hip, Hip, Hip, Hourra ! Pour le personnel infirmier ! \o/ signature.asc Description: PGP signature
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
On 29/03/2020 17:57, Marc Chantreux wrote: salut, Folding at home : la puissance de calcul des ordinateurs mise en commun pour lutter contre le coronavirus sans vouloir faire mon chieur avec le changement climatique tout ça ... en terme de traffic réseau ca représente quel volume de données moyen par jour? Je n'en sais rien mais j'imagine que c'est peu. Les calculs de biochimie sont intensifs en flottants. Comme la plupart des calculs de maillage en éléments finis, ou de MonteCarlo. Par ailleurs, en France, l'électricité (y compris celle consommée par les infrastructures datacenter et telecom et par nos PCs Debian laissés allumés la nuit) est majoritairement nucléaire, donc elle produit peu de gaz à effet de serre. -- Basile Starynkevitch - http://starynkevitch.net/Basile/ Bourg La Reine, France opinions are only mine - les opinions sont seulement miennes
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
salut, > Folding at home : la puissance de calcul des ordinateurs mise en > commun pour lutter contre le coronavirus sans vouloir faire mon chieur avec le changement climatique tout ça ... en terme de traffic réseau ca représente quel volume de données moyen par jour? cordialement, marc
Re: Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
Bonjour ! Merci, cela tombe bien, je viens de lire ceci Folding at home : la puissance de calcul des ordinateurs mise en commun pour lutter contre le coronavirus https://www.lesnumeriques.com/ordinateur/foldingathome-la-puissance-de-calcul-des-ordinateurs-mise-en-commun-pour-lutter-contre-le-coronavirus-n148701.html https://fr.wikipedia.org/wiki/Folding@home https://foldingathome.org/ J'installe BOINC sur toutes mes machines (tour, portable, smartphone, tablette) depuis des années. Article https://fr.wikipedia.org/wiki/Berkeley_Open_Infrastructure_for_Network_Computing Site officiel https://boinc.berkeley.edu/download.php Alliance Francophone http://www.boinc-af.org/ Rosetta, orienté biologie http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ En France il y a eu le Décrypthon de l'AFM contre la Dystrophie Musculaire. Il est à présent inclus dans le World Community Grid parrainé par IBM et accessible par BOINC. Bons calculs ! Stef Le dim. 29 mars 2020 à 16:58, Marc Chantreux a écrit : > salut à tous, vu qu'il y a des RFP dedans, je me permets de relayer cette > annonce: > > https://lists.debian.org/debian-devel-announce/2020/03/msg00010.html > > bon confinement, Marc
Debian @ COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
salut à tous, je me permet de relayer cette annonce vu qu'il y a des RFP dedans, je me permet de relayer cette annonce: https://lists.debian.org/debian-devel-announce/2020/03/msg00010.html bon confinement, marc
