creo que he encontrado la solución, así que me respondo a mi mismo, por si a
alguien puediera resultarle útil...
en principio parece fácil, se cambia el posicionamiento del pie a relativo
con un clear:all y eso ya hace que el pie siempre aparezca al final de la
columna más extensa verticalmente.
el problema es que cuando ambas columnas son mas cortas que la altura de la
pantalla, el pie, al estar posicionado relativamente con respecto a
estas(con un top:0px;) se ve arrastrado hacia arriba también. ya que por
cuestiones de presentación es necesario que el pie siempre aparezca pegado a
la barra inferior del navegador, la solución a la que he llegado es la que
sigue:

añado un div llamado espaciador antes del contenedor del pie, posicionado
relativamente, con clear:both; y top:0px;
este contenedor no llevará contenido, ya que sólo sirve para evitar el
solapamiento con el verdadero pie.
a continuación se posiciona absolutamente el pie con un bottom:0px, y ya
estaría listo.
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