subject:"Re\: \[Python\] Iterare una sequenza"

Re: [Python] Iterare una sequenza

2017-11-26 Per discussione Giuseppe Costanzi

ciao giorgio,
temo che a breve dovro' studiarmelo
grazie per la segnalazione

On Sun, Nov 26, 2017 at 11:34 AM, Giorgio Zoppi  wrote:
> Io userei el automa di aho corasick.
> In Bioinformatics si usa tanto.
> http://carshen.github.io/data-structures/algorithms/2014/04/07/aho-corasick-implementation-in-python.html
>
>
> 2017-11-26 10:20 GMT+01:00 Giuseppe Costanzi :
>>
>> salve a tutti,
>>
>> ho una sequenza del tipo
>>
>> ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>>
>> scorrendola devo trovare una sequenza target GAATTC
>>
>> ACTGATCGATTACGTATAGTA  "GAATTC"  TATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>>
>>
>> quindi dividere la sequenza da G, la prima lettera della sequenza target,
>> e calcolarmi la lunghezza dei due frammenti risultanti
>>
>> ACTGATCGATTACGTATAGTAG
>>
>> e di questa
>>
>> GAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>>
>> io avrei fatto
>>
>> seq = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
>> target = "GAATTCT"
>>
>> s = []
>>
>> for i,base in enumerate(seq):
>>
>> s.append(base)
>>
>> if len(s)==8:
>>
>> s.pop(0)
>>
>> if ''.join(s) == target:
>>  print i-5
>>  print len(seq)-(i-5)
>>  break
>>
>> funziona ma non e' che ne sia proprio convinto,
>> avete suggerimenti su come iterare la sequenza?
>>
>> saluti
>> beppe
>>
>>
>> p.s.
>>
>> e' un esercizio che ho trovato su p4b, python for biologist
>>
>>
>> "Let's start this exercise by solving the problem manually. If we look
>> through the
>> DNA sequence we can spot the EcoRI site at position 21. Here's the
>> sequence with
>> the base positions labelled above and the EcoRI motif in bold:
>>
>> in bold sarebbe questa GAATTCT
>>
>> 0123456789012345678901234567890123456789012345678901234
>> ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>> Since the EcoRI enzyme cuts the DNA between the G and first A, we can
>> figure out
>> that the first fragment will run from position 0 to position 21, and the
>> second
>> fragment from position 22 to the last position, 54. Therefore the
>> lengths of the two
>> fragments are 22 and 33."
>> ___
>> Python mailing list
>> Python@lists.python.it
>> https://lists.python.it/mailman/listinfo/python
>
>
>
> ___
> Python mailing list
> Python@lists.python.it
> https://lists.python.it/mailman/listinfo/python
>
___
Python mailing list
Python@lists.python.it
https://lists.python.it/mailman/listinfo/python

Re: [Python] Iterare una sequenza

2017-11-26 Per discussione Giuseppe Costanzi

ciao Christian,
che dire... spettacolare;

On Sun, Nov 26, 2017 at 11:25 AM, Christian Barra 
wrote:

> In pseudo code
>
> seq = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
> ...:
> ...: def finder(seq, target):
> ...: len_target = len(target)
> ...: i = 0
> ...: while i+len_target < len(seq):
> ...: yield seq[i:i+len_target], i
> ...: i += 1
> Il check per == lo puoi inserire all’interno del finder o fuori.
>
> ——
> Christian Barra
> Python Freelancer // Consultant // Trainer
> Board member of the EuroPython Society
> www.chrisbarra.xyz
>
> On 26 Nov 2017, at 10:42, Giuseppe Costanzi 
> wrote:
>
> ciao carlo,
>
> si, interessante ma vorrei iterare la sequenza mano a mano,
>
> stavo pensando a qualcosa tipo
>
> next(iterator, default)
>
> grazie comunque
>
>
>
> On Sun, Nov 26, 2017 at 10:30 AM, Carlo Miron  wrote:
>
> On Sun, Nov 26, 2017 at 10:20 AM, Giuseppe Costanzi
>  wrote:
>
> ho una sequenza del tipo
> ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
> scorrendola devo trovare una sequenza target GAATTC
> ACTGATCGATTACGTATAGTA  "GAATTC"  TATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
> quindi dividere la sequenza da G, la prima lettera della sequenza target,
> e calcolarmi la lunghezza dei due frammenti risultanti
> ACTGATCGATTACGTATAGTAG
> e di questa
> GAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>
>
> qualcosa tipo
>
> seq = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
> target = "GAATTCT"
> first, second = seq.split(target, 1)
> first += target[1]
> second = target[1:] + second
> len(first), len(second)
>
> (22, 33)
>
> ?
> ㎝
>
> --
> |:**THE -WARE LICENSE** *(Revision ㊷)*:
> | > wrote this mail. As long as you
> retain this
> | notice you can do whatever you want with this stuff.
> | If we meet some day, and you think this stuff is worth it,
> | you can buy me a  in return. —㎝
> ___
> Python mailing list
> Python@lists.python.it
> https://lists.python.it/mailman/listinfo/python
>
> ___
> Python mailing list
> Python@lists.python.it
> https://lists.python.it/mailman/listinfo/python
>
>
>
> ___
> Python mailing list
> Python@lists.python.it
> https://lists.python.it/mailman/listinfo/python
>
>
___
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Re: [Python] Iterare una sequenza

2017-11-26 Per discussione Giorgio Zoppi

Io userei el automa di aho corasick.
In Bioinformatics si usa tanto.
http://carshen.github.io/data-structures/algorithms/2014/04/07/aho-corasick-implementation-in-python.html


2017-11-26 10:20 GMT+01:00 Giuseppe Costanzi :

> salve a tutti,
>
> ho una sequenza del tipo
>
> ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>
> scorrendola devo trovare una sequenza target GAATTC
>
> ACTGATCGATTACGTATAGTA  "GAATTC"  TATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>
>
> quindi dividere la sequenza da G, la prima lettera della sequenza target,
> e calcolarmi la lunghezza dei due frammenti risultanti
>
> ACTGATCGATTACGTATAGTAG
>
> e di questa
>
> GAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>
> io avrei fatto
>
> seq = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
> target = "GAATTCT"
>
> s = []
>
> for i,base in enumerate(seq):
>
> s.append(base)
>
> if len(s)==8:
>
> s.pop(0)
>
> if ''.join(s) == target:
>  print i-5
>  print len(seq)-(i-5)
>  break
>
> funziona ma non e' che ne sia proprio convinto,
> avete suggerimenti su come iterare la sequenza?
>
> saluti
> beppe
>
>
> p.s.
>
> e' un esercizio che ho trovato su p4b, python for biologist
>
>
> "Let's start this exercise by solving the problem manually. If we look
> through the
> DNA sequence we can spot the EcoRI site at position 21. Here's the
> sequence with
> the base positions labelled above and the EcoRI motif in bold:
>
> in bold sarebbe questa GAATTCT
>
> 0123456789012345678901234567890123456789012345678901234
> ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
> Since the EcoRI enzyme cuts the DNA between the G and first A, we can
> figure out
> that the first fragment will run from position 0 to position 21, and the
> second
> fragment from position 22 to the last position, 54. Therefore the
> lengths of the two
> fragments are 22 and 33."
> ___
> Python mailing list
> Python@lists.python.it
> https://lists.python.it/mailman/listinfo/python
>
___
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https://lists.python.it/mailman/listinfo/python

Re: [Python] Iterare una sequenza

2017-11-26 Per discussione Christian Barra

In pseudo code

seq = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
...:
...: def finder(seq, target):
...: len_target = len(target)
...: i = 0
...: while i+len_target < len(seq):
...: yield seq[i:i+len_target], i
...: i += 1

Il check per == lo puoi inserire all’interno del finder o fuori.

——
Christian Barra
Python Freelancer // Consultant // Trainer
Board member of the EuroPython Society
www.chrisbarra.xyz

> On 26 Nov 2017, at 10:42, Giuseppe Costanzi  
> wrote:
> 
> ciao carlo,
> 
> si, interessante ma vorrei iterare la sequenza mano a mano,
> 
> stavo pensando a qualcosa tipo
> 
> next(iterator, default)
> 
> grazie comunque
> 
> 
> 
> On Sun, Nov 26, 2017 at 10:30 AM, Carlo Miron  wrote:
>> On Sun, Nov 26, 2017 at 10:20 AM, Giuseppe Costanzi
>>  wrote:
>> 
>>> ho una sequenza del tipo
>>> ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>>> scorrendola devo trovare una sequenza target GAATTC
>>> ACTGATCGATTACGTATAGTA  "GAATTC"  TATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>>> quindi dividere la sequenza da G, la prima lettera della sequenza target,
>>> e calcolarmi la lunghezza dei due frammenti risultanti
>>> ACTGATCGATTACGTATAGTAG
>>> e di questa
>>> GAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>> 
>> qualcosa tipo
>> 
> seq = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
> target = "GAATTCT"
> first, second = seq.split(target, 1)
> first += target[1]
> second = target[1:] + second
> len(first), len(second)
>> (22, 33)
>> 
>> ?
>> ㎝
>> 
>> --
>> |:**THE -WARE LICENSE** *(Revision ㊷)*:
>> |  wrote this mail. As long as you retain this
>> | notice you can do whatever you want with this stuff.
>> | If we meet some day, and you think this stuff is worth it,
>> | you can buy me a  in return. —㎝
>> ___
>> Python mailing list
>> Python@lists.python.it
>> https://lists.python.it/mailman/listinfo/python
> ___
> Python mailing list
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> https://lists.python.it/mailman/listinfo/python

___
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Re: [Python] Iterare una sequenza

2017-11-26 Per discussione Giuseppe Costanzi

ciao federico,

il secondo metodo mi piace, tra l' altro ho notato che itera solo 22 volte
mentre il mio 28.
in pratica vai a blocchi di lunghezza uguale al target invece di andare una
base alla volta.
bello, mi piace questa soluzione.

grazie


2017-11-26 11:06 GMT+01:00 Federico Cerchiari :

> Ciao Giuseppe,
>
> per trovare la posizione di un oggetto in una sequenza (lista, stringa o
> altro) puoi usare il metodo '.index' delle liste:
>
> dna_seq = 'ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT'
> target = 'GAATTCT'
> target_position = dna_seq.index(target) + 1
> print('lunghezza pre-target: %d, post-target %d' % (target_position,
> len(dna_seq)-target_position))
>
> Se vuoi iterare sulla sequenza per farci altro fai bene a usare
> 'enumerate', ma invece di costruirti la stringa di comparazione di volta in
> volta puoi prelevarla dalla stringa originale ad ogni ciclo:
>
> for position, gene in enumerate(dna_seq):
> if dna_seq[position:position+len(target)] == target:
> position += 1  # Aggiungiamo 1 perchè enumerate è 0-based
> print('lunghezza pre-target: %d, post-target %d' % (position,
> len(dna_seq)-position))
>
> Federico
>
> 2017-11-26 10:42 GMT+01:00 Giuseppe Costanzi :
>
>> ciao carlo,
>>
>> si, interessante ma vorrei iterare la sequenza mano a mano,
>>
>> stavo pensando a qualcosa tipo
>>
>> next(iterator, default)
>>
>> grazie comunque
>>
>>
>>
>> On Sun, Nov 26, 2017 at 10:30 AM, Carlo Miron  wrote:
>> > On Sun, Nov 26, 2017 at 10:20 AM, Giuseppe Costanzi
>> >  wrote:
>> >
>> >> ho una sequenza del tipo
>> >> ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>> >> scorrendola devo trovare una sequenza target GAATTC
>> >> ACTGATCGATTACGTATAGTA  "GAATTC"  TATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>> >> quindi dividere la sequenza da G, la prima lettera della sequenza
>> target,
>> >> e calcolarmi la lunghezza dei due frammenti risultanti
>> >> ACTGATCGATTACGTATAGTAG
>> >> e di questa
>> >> GAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>> >
>> > qualcosa tipo
>> >
>>  seq = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
>>  target = "GAATTCT"
>>  first, second = seq.split(target, 1)
>>  first += target[1]
>>  second = target[1:] + second
>>  len(first), len(second)
>> > (22, 33)
>> >
>> > ?
>> > ㎝
>> >
>> > --
>> > |:**THE -WARE LICENSE** *(Revision ㊷)*:
>> > |  wrote this mail. As long as you retain this
>> > | notice you can do whatever you want with this stuff.
>> > | If we meet some day, and you think this stuff is worth it,
>> > | you can buy me a  in return. —㎝
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>> > Python mailing list
>> > Python@lists.python.it
>> > https://lists.python.it/mailman/listinfo/python
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>>
>
>
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Re: [Python] Iterare una sequenza

2017-11-26 Per discussione Federico Cerchiari

Ciao Giuseppe,

per trovare la posizione di un oggetto in una sequenza (lista, stringa o
altro) puoi usare il metodo '.index' delle liste:

dna_seq = 'ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT'
target = 'GAATTCT'
target_position = dna_seq.index(target) + 1
print('lunghezza pre-target: %d, post-target %d' % (target_position,
len(dna_seq)-target_position))

Se vuoi iterare sulla sequenza per farci altro fai bene a usare
'enumerate', ma invece di costruirti la stringa di comparazione di volta in
volta puoi prelevarla dalla stringa originale ad ogni ciclo:

for position, gene in enumerate(dna_seq):
if dna_seq[position:position+len(target)] == target:
position += 1  # Aggiungiamo 1 perchè enumerate è 0-based
print('lunghezza pre-target: %d, post-target %d' % (position,
len(dna_seq)-position))

Federico

2017-11-26 10:42 GMT+01:00 Giuseppe Costanzi :

> ciao carlo,
>
> si, interessante ma vorrei iterare la sequenza mano a mano,
>
> stavo pensando a qualcosa tipo
>
> next(iterator, default)
>
> grazie comunque
>
>
>
> On Sun, Nov 26, 2017 at 10:30 AM, Carlo Miron  wrote:
> > On Sun, Nov 26, 2017 at 10:20 AM, Giuseppe Costanzi
> >  wrote:
> >
> >> ho una sequenza del tipo
> >> ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
> >> scorrendola devo trovare una sequenza target GAATTC
> >> ACTGATCGATTACGTATAGTA  "GAATTC"  TATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
> >> quindi dividere la sequenza da G, la prima lettera della sequenza
> target,
> >> e calcolarmi la lunghezza dei due frammenti risultanti
> >> ACTGATCGATTACGTATAGTAG
> >> e di questa
> >> GAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
> >
> > qualcosa tipo
> >
>  seq = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
>  target = "GAATTCT"
>  first, second = seq.split(target, 1)
>  first += target[1]
>  second = target[1:] + second
>  len(first), len(second)
> > (22, 33)
> >
> > ?
> > ㎝
> >
> > --
> > |:**THE -WARE LICENSE** *(Revision ㊷)*:
> > |  wrote this mail. As long as you retain this
> > | notice you can do whatever you want with this stuff.
> > | If we meet some day, and you think this stuff is worth it,
> > | you can buy me a  in return. —㎝
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Re: [Python] Iterare una sequenza

2017-11-26 Per discussione Giuseppe Costanzi

ciao carlo,

si, interessante ma vorrei iterare la sequenza mano a mano,

stavo pensando a qualcosa tipo

next(iterator, default)

grazie comunque



On Sun, Nov 26, 2017 at 10:30 AM, Carlo Miron  wrote:
> On Sun, Nov 26, 2017 at 10:20 AM, Giuseppe Costanzi
>  wrote:
>
>> ho una sequenza del tipo
>> ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>> scorrendola devo trovare una sequenza target GAATTC
>> ACTGATCGATTACGTATAGTA  "GAATTC"  TATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>> quindi dividere la sequenza da G, la prima lettera della sequenza target,
>> e calcolarmi la lunghezza dei due frammenti risultanti
>> ACTGATCGATTACGTATAGTAG
>> e di questa
>> GAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
>
> qualcosa tipo
>
 seq = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
 target = "GAATTCT"
 first, second = seq.split(target, 1)
 first += target[1]
 second = target[1:] + second
 len(first), len(second)
> (22, 33)
>
> ?
> ㎝
>
> --
> |:**THE -WARE LICENSE** *(Revision ㊷)*:
> |  wrote this mail. As long as you retain this
> | notice you can do whatever you want with this stuff.
> | If we meet some day, and you think this stuff is worth it,
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Re: [Python] Iterare una sequenza

2017-11-26 Per discussione Carlo Miron

On Sun, Nov 26, 2017 at 10:20 AM, Giuseppe Costanzi
 wrote:

> ho una sequenza del tipo
> ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
> scorrendola devo trovare una sequenza target GAATTC
> ACTGATCGATTACGTATAGTA  "GAATTC"  TATCATACATATATATCGATGCGTTCAT
> quindi dividere la sequenza da G, la prima lettera della sequenza target,
> e calcolarmi la lunghezza dei due frammenti risultanti
> ACTGATCGATTACGTATAGTAG
> e di questa
> GAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT

qualcosa tipo

>>> seq = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
>>> target = "GAATTCT"
>>> first, second = seq.split(target, 1)
>>> first += target[1]
>>> second = target[1:] + second
>>> len(first), len(second)
(22, 33)

?
㎝

-- 
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